遂に、マイケルにアレックスのスパイ行為を突き止められたニキータ。部屋を開けると、そこには銃を突きつけたマイケルが待っていた。絶体絶命のニキータに、マイケルは24時間以内にカシムを探し出せと命令する。こうしてマイケルとカシムの最後の対決が幕を開ける!
マイケルの申し出（と言うよりほぼ強要・・・笑）をしぶしぶ受け入れ、カシムと繋がりのあるゴーゴリのボス、アリと接触するニキータ。
彼女は、カシムの麻薬を奪い、アリに届けるという。
しかしアリの関与は否定すればよいと・・・・。
アリは、2度もニキータに出し抜かれているため、にわかに信じがたいが、この話に乗る事に。
ニキータはカシムの麻薬の輸送ルートを阻み、トラック3台を爆破。
カシムがアリに接触した後、彼を拉致することに成功する。
そしてマイケルに電話を・・・・。
その頃マイケルは、パーシーからブラックボックスに関する任務に専念してほしいと打診されていた。
ニキータから電話を受けたマイケルはすぐにロシアへ。
囚われて居たカシムは、ニキータの目を盗んで、彼女がマイケルから渡されたディビジョンの衛星電話で応援を呼んでいた。
ロックは解除できないはず！とタカをくくっていたニキータだったが、なぜ彼がロックを解除できたのか・・・・？
カシムの応援が現れ、逆にニキータが囚われてしまった時、マイケルが到着し、形勢逆転。
ようやくマイケルはカシムを捕えることに。
しかし、彼がディビジョンの衛星電話のロックをなぜ解除できたのか・・・・？
そう、彼もディビジョンのメンバーだったのだ。
彼はパーシーに雇われ、アルカイダに潜入するのが任務。
その前に一人のエージェントを殺すよう言われたそうだ。
それがマイケル・・・・。
しかし、マイケルではなく、間違ってマイケルの妻と子を殺してしまったのだ。
パーシーの恐ろしさを知ったカシムは、そこでディビジョンを抜け、本当にアルカイダのメンバーとして生きてきたというのだ。
マイケルは彼を殺すことなく部屋を出て行った。
しかし身の危険を感じたニキータは彼を射殺。
ディビジョンに戻ったマイケルは、パーシーの任務を受けることに決め、ニキータに協力していく事を決意する。
そしてニキータの部屋へ行った彼はとうとう結ばれるのでした（*^_^*）
シーズン１が終わる前から結構波乱の展開ですねぇこのシリーズ(笑)