Xlib: extension "MIT-SHM" missing on display "localhost:0.0".
調べてみると、このメッセージが出ないようにするには、 MIT-SHM 拡張という機能が必要であるということがわかりました。
この機能は Cygserver という Windows のサービスとして提供されており、Cygwin のコンソールから /usr/bin/cygserver-config スクリプトを実行してインストールするのだそうです。
以下にその手順をメモしておきます。
1. Cygwin の setup.exe を実行し、"Admin"カテゴリの下にある "cygrunsrv" を "Skip" から "Install" に切り替えて追加インストールする。
2. /usr/bin/cygserver-config スクリプトを実行する。
$ /usr/bin/cygserver-config
3. Windows の環境変数に以下の変数を追加する。
CYGWIN=server
4. Windows のサービス"CYGWIN cygserver"を開始する。
ここまでやって、再度 Window Maker を起動すると、上記のメッセージは出なくなりました。