ネットで探すとフリーで使えるのもたくさんあるので、ぜひ入れておくと良いと思います。
例えば：SepPDF
ポイントは解像度を低めに設定しておくのが良いですね。
高くしてもあまり変わらず(文字だけなら特に)、低速になったり、アプリが落ちてしまいます。
Life is beautifulさんに面白い記事があったので紹介します。
まもなく日本でも発売されようとしているiPadは色々な意味で画期的なデバイスだが、あくまで位置づけはモバイル・コンピューターであり、パソコンではない。
画面も大きく、CPUも高速になったとは言え、搭載するメモリ（RAM）の量はiPhone 3GSと同じだ。
そのため、メモリがふんだんにあるパソコン用に作ったPDFファイルを読もうとすると、メモリ不足でアプリが落ちたり、極端に遅くなったりしてしまう。
アプリを作る側もいろいろと対応はしてはいるが（参照）、やはり快適にiPad上でPDFファルを読もうとするのであれば、それなりの最適化は必要である。
１. 一度プリントアウトしたものをスキャンしてPDFファイルを作るのではなく、オリジナルのドキュメント（＝文書）から直接PDFファイルを生成する。
これは当然、「オリジナルのドキュメントにアクセス可能」なことを前提にした話だが、一度プリントアウトしてからスキャンしたものと、オリジナルのドキュメントから直接PDF化した場合では、ファイルの大きさも違うし、画面に表示した時にきれいさも大きく違う。
どうしてもスキャンする場合は、150dpi 程度の解像度にとどめておく（200dpiとか300dpiにしたところで、iPad上できれいに見えるわけでもなく、ただ無駄にメモリを消費する→表示が遅くなる）。
２. 画像を含んだドキュメントをPDF化する際には、画像をダウンサンプリングする。
Adobe InDesignでPDFファイルを作る際、特になにも指定しないとInDesignはドキュメント中に貼付けられた画像は、たとえ縮小して貼付けたとしてもオリジナルの解像度のままでPDFファイルにしまうように設計されている。
最近のデジカメで撮影した画像は、数メガピクセルの大きさなので、そんな画像を含んだPDFファイルをiPad上で見ようとするとメモリ不足になってしまう。
これを防止するためには、ダウンサンプリングというテクニックを使って、解像度を落として（ただし、iPadに表示するには十分な程度に）PDF化する必要がある。
詳しくは、Adobeの解説ページの「PDFファイルサイズの低減」を参照していただきたい。
3. すでにPDF化されたものしか無い場合（オリジナルのドキュメントにアクセスできない場合）、Acrobat を使ってダウンサンプリングする（ドキュメント→ファイルサイズを縮小、もしくは、詳細→PDFの最適化）。
[追記: OS-XのPreview→SaveAsのQuartz Filterで圧縮も可能。ただ、PDFファイルによっては写真の色がただしく変換されないケースがあるので要注意]
4. それでもダメな場合は、各ページをJPEG化し、それをZIP圧縮してiPadで読む。
これは最後の手段だが、CloudReadersの場合だと、これがもっともサクサク読む方法でもある。
変換の方法は色々とあるが、いずれにせよ各JPEGファイルの大きさを１４００x１０００以下に押さえておくことをおすすめする。
ちなみに、MACを持っている人の場合、以下のステップでこの変換が可能。
（１）PDFファイルをPreviewで開き、ファイル→プリントを選択する
（２）ここでPDFメニューから "Save to iPhoto（iPhotoにセーブ）" を選ぶ
（３）iPhotoを立ち上げて、（２）でセーブされた各ページの画像を選択した上で、ファイル->エクスポートを選ぶ。表示されたダイアログボックスで、JPEG/高解像度（もしくは、JPEG/カスタム/1400）を選んでエクスポートする（フル解像度のままだと大きすぎる）。
（４）エクスポートされたファイルをファインダーを使って圧縮する。
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