残るJR九州の運休区間は熊本と大分結ぶ豊肥線だけとなったが、肥後大津駅～豊後荻駅は運休の為（※宮地駅～豊後荻駅は代行バス運転）豊肥線を走行する「特急あそぼーい！」も運休となる。
「特急あそぼーい！」ブログ記事⇒ こちら
「がんばれ熊本」として2011年3月12日 東日本大震災の翌日に全線開通した九州新幹線の祝開通CM動画 30秒+180秒を1本にしたもの
2009年のＪＲグループＣＦ、関口知宏さん出演の「列車で行こうどこまでも」では多くが阿蘇の外輪山の中を行く豊肥線で撮影されている。
今回の大地震で豊肥線は立野駅～赤水駅の進行方向を北に変える付近で、並行する国道と国道から分岐する阿蘇大橋を大量の土砂が押し流したため長期の運休が予想される。
ＣＦ動画撮影地ブログ記事 ⇒ こちら
より大きな地図で 列車で行こうどこまでも豊肥本線撮影地 を表示
またこの「列車で行こうどこまでも」シリーズのポスター6作の5作目は阿蘇駅で撮影されていて、現在では向かい側ホーム上に「レストラン火星」が建っているる。
また豊肥線を経由し阿蘇駅ホーム上のレストラン火星で朝食タイムが設けられている、クルーズトレイン「ななつ星in九州」は運休だったが、5月7日（土）より一部ルートを変更して運行再開予定である。
阿蘇駅に長時間停車する「ななつ星in九州」撮影ブログは ⇒ こちら
当方も大型連休明けに九州新幹線を利用するツアーを予約してあるのだが…