第三使徒の迎撃に向かう仮設５号機（パイロットは真希波・マリ）基地のチューブ内での戦いから外へ。足を失いながらも使徒を殲滅させた仮設５号機。マリが脱出した後に自爆。
ミサトの計らいで母親の墓参りをするゲンドウとシンジ。その帰り道で第７使徒と遭遇。輸送機から放出された２号機（アスカ）により難なく殲滅される。
衛星軌道上に第８使徒が出現。落下軌道が予測出来ないため零号機、初号機、２号機３体による有視界捕捉の必要がある。
３体のコンビネーションで使徒を殲滅。
１人で倒せなかった事に落ち込むアスカ。
アメリカで開発された３号機が日本に移送され、その起動実験にアスカが志願。
だが実験のさなか、３号機が第９使徒に乗っ取られる。３号機は使徒として認識され、シンジの初号機に処理命令が下る。
戦いの途中でアスカが乗っている事を知るシンジ。反撃出来ないまま弱って行くシンジの初号機に対してゲンドウはダミープラグによる運用を決行。
驚異的な力で反撃する初号機。ついに３号機は倒され、初号機は３号機のエントリープラグを噛み砕く。
ゲンドウに絶望したシンジはパイロットを辞めると決意し電車に乗るが、新たな第１０使徒「ゼルエル」の出現でシェルターに避難させられる。
マリが２号機で出撃。強大なＡＴフィールドの前に打ち手がなく「裏モード（Beast）」に変形して肉薄。Ｎ２誘導弾を抱えた零号機（レイ）と協力してＡＴフィールドを引きはがし、直撃するが殲滅出来ず。
零号機の体が使徒に捕食されるのを見て本部に駆け戻るシンジ。
ゼルエルは零号機とレイを捕食して首から下が人型になり、本部指令所まで到達するが、寸前のところで初号機が阻止。地上まで使徒を戻すがそこで電源が切れ活動停止。
しかしシジの叫びと共に再起動。圧倒的な力で使徒を殲滅し、そのコアの中からレイを救い出す。
サードインパクトが始まろうとする時、月面から飛来した６号機（カヲル）が槍で初号機を貫き、その動きを止めた。
「破」ではのっけから全く知らない「仮設５号機」の出現に悪ノリ気味のマリ。そしてマリが歌う勝負歌が「３６５歩のマーチ」。何だよこれ、と思ったが、当然庵野の趣味だね。
第７使徒はやじろべえみたいな感じで「マトリエル」変形てな感じか。単に２号機の引き立て役。
アスカのファーストネームを惣流から式波にした意味が良く判らんが・・・・
３号機のパイロットはＴＶ版ではトウジだったが、ストーリーを難しくしない配慮か。
初号機が、ダミーシステムで３号機の首を絞めているシーンで流れるのが「今日の日はさようなら」
http://www.youtube.com/watch?v=JbC5N60tnIs&feature=related
この回のポイントは第１０使徒との戦い。
http://www.youtube.com/watch?v=gW-HrKsRZl0
「ゼルエル」と言ったが、その特性は各部で異なり、ＡＴフィールドの表現もシャープ。レイを取り込んだ後、体がレイの様になった姿は、顔との組み合わせが異常すぎてハンパない。
そういえばＴＶ版をビデオで見ていた時、我が家では「ゼルエル」の事を「うし君」と言っていた（プラモがあったのよね）。
ゼルエルとの戦いで再起動して倒すシーンでは「翼をください」
http://www.youtube.com/watch?v=GNrXu8x-HOQ&feature=related
これも庵野の趣味。完全に私物化しとるね。なんとも「昭和」っぽい。
ラストシーン。
http://www.youtube.com/watch?v=WWq5JXmZPf8&feature=related