vContact2をインストール
Python＝3.7.3だと動く。
3.11だと動かなかった。
--c1-bin /path/to/cluster_one-1.0.jar
のオプションをつけてrunする。
まず基本的なこととして
install.packages('phangorn', Dependency = T)
のようにDependencyのインストールも一緒に行う。
libgfortran.so.4: 共有オブジェクトファイルを開けません: そのようなファイルやディレクトリはありません
と怒られた。
sudo apt install gfortran-7
をしてみる。。。
その後再度
install.packages('phangorn', Dependency = T)
したら解決。
apeのインストールでは、
/usr/bin/ld: cannot find -llapack
/usr/bin/ld: cannot find -lblas
と怒られたが、これは
sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev
sudo apt-get install libgsl0-dev
を行ったら、解決した。
何をやっているのか自分で分からない。。。
Rを開いて、
install.packages(c("data.table",
"futile.logger",
"ggplot2",
"optparse",
"plyr",
"readr",
"reshape2",
"scales",
"viridis",
"yaml"))
を実施。
mkdir /home/bin/MinionQC
cd /home/bin/MinionQC
wget https://raw.githubusercontent.com/roblanf/minion_qc/master/MinIONQC.R -O MinIONQC.R
chmod 755 ./MinIONQC.R
1つのランの評価をする場合
MinIONQC.R -i path/to/sequencing_summary.txt -o ./test -p 32 -s TRUE
sequencing_summary.txtはMinionのouput directory内にある。
複数のsequencing_summary.txtを1回で評価する方法もある
output formatはデフォルトがpngだが、jpegなどにも変更可。
Installがやや面倒。
Rでapeとかいくつかインストールしておかないといけない。
これを突破出来たら、runは簡単。
./DBGWAS -strains input.txt -nb-cores 32 -newick tree.ph -pt-db prokka_output.faa
pt-dbのオプションには複数のfaaファイルを投入できる。全てのファイルをカンマ区切りの完全パスでファイル名を記載する。
input.txtは3列のタブ区切りだが、ファイルフォーマットに注意。エクセルでファイルを作成した際にはnkfでフォーマットの変更が必要と思われる。
conda activate でcheckM2の環境を立ち上げる
checkm2 predict --threads 64 --input ./contigs/*.fasta --output-directory ./checkm2/
ncbi-acc-download
が使える。
condaで容易にインストール可能。
コマンド
たんぱく配列の場合オプション -m protein を付ける。
ncbi-acc-download -m protein VSM46567.1
ヌクレオチドなら
ncbi-acc-download -m nucleotide acc_no.
ncbi_acc_download.sh参照
Proxyを突破できず、Dockerに頼ることになった。。。
docker run --rm -v /home/user/bin/interpro/interproscan-5.51-85.0/data:/opt/interproscan/data -v /home/user/bin/interpro/input:/input -v /home/user/bin/interpro/output:/output -v /home/user/bin/interpro/temp:/temp interpro/interproscan:5.51-85.0 ./interproscan.sh --input /input/test_go.faa --disable-precalc --formats tsv --outfile /output/my_input_gt3.tsv --tempdir /temp --cpu 64 --goterms --iprlookup
結果は以下の通り
The TSV format presents the match data in columns as follows:
- Protein accession (e.g. P51587)
- Sequence MD5 digest (e.g. 14086411a2cdf1c4cba63020e1622579)
- Sequence length (e.g. 3418)
- Analysis (e.g. Pfam / PRINTS / Gene3D)
- Signature accession (e.g. PF09103 / G3DSA:2.40.50.140)
- Signature description (e.g. BRCA2 repeat profile)
- Start location
- Stop location
- Score - is the e-value (or score) of the match reported by member database method (e.g. 3.1E-52)
- Status - is the status of the match (T: true)
- Date - is the date of the run
- InterPro annotations - accession (e.g. IPR002093)
- InterPro annotations - description (e.g. BRCA2 repeat)
- (GO annotations (e.g. GO:0005515) - optional column; only displayed if –goterms option is switched on)
- (Pathways annotations (e.g. REACT_71) - optional column; only displayed if –pathways option is switched on)
If a value is missing in a column, for example, the match has no InterPro annotation, a ‘-’ is displayed.