まず基本的なこととして
install.packages('phangorn', Dependency = T)
のようにDependencyのインストールも一緒に行う。
libgfortran.so.4: 共有オブジェクトファイルを開けません: そのようなファイルやディレクトリはありません
と怒られた。
sudo apt install gfortran-7
をしてみる。。。
その後再度
install.packages('phangorn', Dependency = T)
したら解決。
apeのインストールでは、
/usr/bin/ld: cannot find -llapack
/usr/bin/ld: cannot find -lblas
と怒られたが、これは
sudo apt-get install libblas-dev liblapack-dev
sudo apt-get install libgsl0-dev
を行ったら、解決した。
何をやっているのか自分で分からない。。。