Java
jre-8u333-windows-x64.exe
をインストールすること。
これだけだよ。
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種類の枠に「；；」と入力
からpythonスクリプトダウンロード。
自分の環境ではバイオパイソンがインストールされていなかった。かつこのスクリプトが作成された時期から推定するにPython2で動くと思われる。
condaでBiopython（1.79）とpython2（２.7.18）をインストールした環境を構築する。その後スクリプト書き換える。
14行目のoutfはoutputと思われるので、既存のディレクトリを含んだファイル名を絶対パスつきで記入。
17行目のopen以下にinputファイルを同様に記入する。
これで
python2 script.py
で終わり。
まずpackageのインストールがうまくいかない。
なんとかが開けない、とか文句を言ってくる。
proxy設定をする。
.Rprofileに
Sys.setenv("http_proxy" = "URL:8080")
Sys.setenv("https_proxy" = "URL:8080")
を書き込む。
またどうやら、東京のCRANサイトと相性が悪いらしい。ソウルを採用。山形はftpサイトになっていたので、何となく敬遠。
options(repos = structure(c(CRAN = "https://cran.seoul.go.kr/")))
を書き込み。
これでとりあえず動くようになった。
エクセル読み込み
library(openxlsx)
data <- read.xlsx("input.xlsx", sheet = 3)
PCG_serotype <- table (data$PCG, data$serotype)
write.csv(PCG_serotype,"PCG_serotype.csv")
Mac
ssh-keygen -t rsa
で鍵を作成
id_rsa.pubが作成されるので、これを適当にデスクトップなどにコピーしてDDBJに登録。
登録はDRAにログインして、Accountのところでできる。
beast -beagle_gpu -beagle_order 1 input.xml