localでphylovizを用いてgoeburstアルゴリズムを走らせる。
そしてCCを決定する流れ。
Phyloviz2.0をexeファイルから立ち上げる。
data loadのところでまず、pubmlstからダウンロードしてきたSTとアリル番号の表が必要。
ヘッダーも含まれている必要がある。
ST gki gtr murI mutS recP xpt atoB
1 10 6 6 6 12 13 8
2 5 4 4 1 2 15 2
3 5 3 4 1 6 2 1
こんな感じ。余計な列があると走らないので注意。ダウンロードしてきたファイルにはClonal Complex情報が書かれていたりするが、その場合には削除する。
次に、自分のサンプル情報を準備。こちらもヘッダーが必要。
ID ST atoB gki gtr murl mutS recP xpt
ERR10483665 20 6 3 3 2 8 9 6
ERR10483666 13 9 10 5 6 6 12 13
ERR10483667 29 3 3 2 4 2 7 1
ERR10483743 20 6 3 3 2 8 9 6
こんな感じ。
次にSTで紐づけるため、Key:でSTを選択する。
これで最初の立ち上げは終了。
左にIsolate dataとMLSTというタブができているはず。
MLSTのところで右クリックしてgoeburstを走らせる。
まずはSLVで見てみて、DLVも行うか考える。
manualは
左側のタブに出現する「goeBURST」をダブルクリックすると例のFigureが表示される。これは各CC毎の樹形図なので注意。「CC0」とか言われるとぎょっとするが、CC0のfounderは樹形図で明るい黄緑で表示されているので、このSTをCCとするのが妥当。
再び左のIsolate dataをダブルクリックすると、表示されるtableに一番右にgoeBURSTの結果列が追加されている。これを左のタブを右クリックで.txtで保存できる。
後はエクセルを用いてgoeBURSTの番号に該当するfounderをそれぞれCCとして入力（ここは手作業になると思われる）して、各サンプルのCCが決定できる。
chooseCRANmirror(graphics=F)
矢内氏の説明に基本的に従う。
$sudo apt-key adv --keyserver
keyserver.ubuntu.com --recv-keys
E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
$ sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.rproject.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'
のところはproxyを突破できないかもしれない。
そこで
を拝見。
同ブログの説明に従って、
に
0xE298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
と入力する。
取得した.acrファイルを丸ごと保存する。
（-----BEGIN PGP PUBLIC KEY BLOCK-----
Comment: Hostname:
Version: Hockeypuck 2.1.1-10-gec3b0e7の部分の含めて丸ごと保存。）
サイト説明通りに、
cat hoge.txt | sudo apt-key add -
を行い、その後矢内氏の説明に戻って、
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.rproject.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'
を行う。
これでRがインストールされる。
R-studio serverのインソールは
に従う。
さらに
に従って,~/.Rprofileと~/.Renvironにproxy情報及び、curlの記入を行う。
/opt/ont/guppy/data
watch -d -n 0.5 nvidia-smi0.5秒おきに変化したパラメータをハイライトする。