/path/to/beast_2.7.7/jre/bin/java -Dlauncher.wait.for.exit=true -Xss256m -Xmx500g -Djava.library.path=/path/to/beast_2.7.7/lib -Duser.language=en -cp /path/to/beast_2.7.7/lib/launcher.jar beast.pkgmgmt.launcher.TreeAnnotatorLauncher
これでメモリが足りないときでもtreeを描ける。
time clock modelでrelaxedを選ぶとNormalizeを選択することができる。
model comprisonを行う場合には、ここはチェックを入れて既知の置換率（Bacteriaであれば、1E-7～1E-8程度）を入れておいた方が良いらしい。
（ChatGPT）
実際のrunの時にはNormalizeしてはだめ。
Do you need BEAST2?
Consider http://www.atgc-montpellier.fr/LSD/ ?
See https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6006949
binフォルダにMauveをダウンロードしてくる。
直下にあるMauve.jarファイルを用いる。
コマンドは
java -Xmx1g -cp ./Mauve.jar org.gel.mauve.contigs.ContigOrderer -output /path/to/output_directory -ref reference.gbk -draft input_contig.fasta
outputフォルダにいくつかのalignmentXフォルダが作成される。このうち最もXが大きいフォルダに最終ファイルが格納されている。
最終ファイル名はインプットしたfastaファイルと同盟になっているので注意。（中身を見てみると、ちゃんとcontigの順序が変わっている。またreferenceに合わせてcomplementもひっくり返して格納してくれているようだ。）
このre-orderingはリファレンスに強く依存するので、近縁株のcompleteを参照するように注意が書かれている。
WindowsでProxy環境外でしか環境構築できていない。
ここからWindows版のdatasets.exeをダウンロード。
これがコマンドプロンプトでしか動かせない。
エクスプローラーからファイルの場所にいって、（cdが使えた！他のコマンドは知らない。）
datasets download genome accession GCF_000001405.40
みたいな感じで、アクセッション番号を半角区切りで並べまくったら一応ダウンロードできた。
あとはUbuntuで処理を試みる。
complete genomeの開始位置変更
dnaapler chromosome -i input.fasta -o outdir -p prefix_for_output
これでdnaAからの開始点になる。