この現象の原因は色々あり得ますが、響き(成分)と発音の調整で上手くいくでしょう。
息混ぜのブレッシーな声はピッチが合っていてもハモりの中では高く聞こえたりもするので、ちょっと注意が必要。
母音の形が違いすぎるとハモって聞こえないことがありますね。
どういう発音にするかはジャンル、アレンジにもよりますが歩み寄りが要る場合もあるでしょう。
もちろんピッチ自体が外れていてハマらない、という場合もあります。
アンサンブルでの練習時は、何となく流してしまわず、1和音ごとに止めながら完全にハモるまでやります。
これは文字通りです。
何となく歪んでいるところがインテンポの中で勝手に修正されることはほぼ無いので、1和音ずつ完全なハモりを作り、ゆっくりのインテンポ、最終的なテンポの中でもそれが崩れないように調整していきます。
勿論それ以前の問題として各人がコードの理解、発声上の問題をクリアしておけば調整はどんどんラクになります。
色んな角度で取り組むと好いですね。