この練習、コンテンポラリーなアカペラに限らず、合唱、あるいは管や弦のアンサンブルでも場合により必要です。
通奏を何度重ねても、和音のハマりがよくない所は改善しません。
ゆっくり練習をしても巧くハモらないところは１和音ずつ止めて確認します。
犯人がわからない場合は（複数の場合もあり）人数を減らしてチェック。
ピッチ的に単音として合っていても、和音をきちんと意識していないことで倍音などの問題でNGな場合もあります。
その場合はピッチはそのままで出し方（発音も含む）を色々変えて調整を。
そんな細かく練習するのか？という人もいるかもしれませんが、完全にハモるとやはり気持ちいいものです。
なのでそこは際限なく完璧になるまでどこまでも調整を。
大体のところで止めると完成度も満足度も大体になります。
止めて上手くいったらゆっくりのインテンポでそれを保てるかチェック。
それで上手くいったら普通のテンポで調整。
という作業を気になる箇所全てで行います。