株式会社日本バイオデータ
ORFだけで描いた
28Feb.2020
武漢で流行っているウィルスは東京のとかこし違う
現在のqPCR検査では見分けられないので、ウィルスのシークエンスデータがもっとほしい。
コウモリから検出されたウイルスを外群として含めた系統解析の結果、 CTCグループは新しく出現したものであることが示唆された。
現在のところ、武漢でみつかったウイルスのほとんどがCTCグループに属し、他のグループに分類されたのは全２１例中の１例に限られる。
これらの結果から、武漢で広がっているウイルスと、 他のエリアで確認されているウイルスは 異なる性質を持っていることも考えられる。(東京で見つかったのはTCTグループ)。
したがって、ウイルスの侵入が確認された他の国では、まだ武漢ほどの被害は出ていないが、今後CTCグループが広がり、武漢同様の被害が出る恐れもある。
CTCのグループと他のグループは現在のqPCR法による検査では見分けることが難しい。そのため、塩基配列データを収集することがウイルスモニタリングに効果的である。
解析データ、解析方法はこちらにhttps://t.co/mJWBTcDz5R
— 日本バイオデータ (@info_nbd) February 28, 2020
日本バイオデータ @info_nbd· Feb 17, 2020
系統解析をすると、たぶん新型コロナウイルスは日本に何回も来てる
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解析を進めました。Parsimony-informative sites だけで眺めると、ReferenceとしたSARS-Cov-2ゲノム(Accession No.MN908947)の8782番塩基(C/T)と28144番塩基(T/C)と29095番塩基(C/T)が重要そうでした。そこで、CTC, TCC, TCTの3グループにわけて作図しました。
解析を進めました。Parsimony-informative sites だけで眺めると、ReferenceとしたSARS-Cov-2ゲノム(Accession No.MN908947)の8782番塩基(C/T)と28144番塩基(T/C)と29095番塩基(C/T)が重要そうでした。そこで、CTC, TCC, TCTの3グループにわけて作図しました。 pic.twitter.com/I7aXJOia9i
— 日本バイオデータ (@info_nbd) February 19, 2020
日本バイオデータ @info_nbd· Feb 21, 2020
Replying to @info_nbd
会社のひとがQ&Aをつくってくれました
https://twitter.com/info_nbd/status/1230656946480373760/photo/1
＞系統解析をすると、たぶん新型コロナウイルスは日本に何回も来てる
https://twitter.com/info_nbd/status/1229322823816007681/photo/1
中国大陸から来る人獣共通感染症①②
①鳥インフルエンザ(H7N9)
人での感染は中国を中心に発生が報告されています。また、マレーシア、カナダで輸入感染例が報告されています。中国と異なり日本での感染死はなかった。
https://www.forth.go.jp/useful/infectious/name/name54.html
②２００３年ＷＨＯは、「重症急性呼吸器症候群、ＳＡＲＳコロナウイルス」と名付けた。
広東省広州市内の野生動物を扱う市場の従業員５０８人のうち６６人（約１２％）にウイルス抗体反応が陽性と出た。
コロナウイルスももともと、豚の感染性胃腸炎や、鳥の気管支炎をひきおこす「なんでもないウイルス」なのだ。
https://jomf.or.jp/include/disp_text.html?type=n100&file=2007040103
③世界貿易への影響も拡大か 中国でまん延する豚コレラ（ASF）
世界の豚肉の生産量のうち、中国は半分以上を消費する豚食国家。
https://forbesjapan.com/articles/detail/31695/2/1/1
④中国・モンゴルにおけるアフリカ豚コレラの発生状況
◆呟き
巨大な人口の中国大陸は、獣➡人➡人(人獣共通感染症)の病原菌の培養地なのでしょう。
変異を繰り返し、病毒性を獲得して伝播する。
突然変異した(orさせた)発生地の『武漢ウイルス』と命名すべき。
