新訂で使い分けが必要になった言葉です。
とはいえ、辞書を見てみるとそもそも別の項目として存在しています。意味は、それぞれ「終局」は「碁・将棋を打ちおわること」「物事の結末がつくこと。しまい。終結」、「終極」は「物事の最後。果て。最終」とあり、（意味は全てデジタル大辞泉より）用字用例辞典の記載もこれと矛盾することないため、この改訂であるべき姿になったのかもしれません。
ただ、個人的な問題として、私は今初めて「終極」という表記があることを知りまして。
「シュウキョクの目的」などと言われても自然と「終局」に変換してそのままスルーしてしまいそうな気がしてなりません。
（そうならないためにこの記事を書いたものの、２００％忘れ去る自信があります）