私、恥ずかしながら、これはつい最近まで片仮名表記だと思っていました。
何が恥ずかしいかというと、スーパーの野菜売場なんかを見ると、キャベツ、ニンジン、ホウレンソウなんかと並んでもやしもあるじゃないですか。だから、動植物名は片仮名表記という用字用例辞典の基本ルールに沿うものであると思っていたんですね。
しかしながら、よくよく考えなくても、「もやし」は植物名ではなくて、「穀類などの種子を光を当てずに発芽させたもの」（デジタル大辞泉より）ですから。
ということで、「もやし」は用字用例辞典的には平仮名表記するルールです。これは、実際食用にする大豆もやしやリョクトウもやしなんかだけではなく、ひょろひょろと育ったという意味で比喩的に「もやしっ子」などと用いるときもそうであります。
なお、このほか野菜類では、植物名であっても「大根」「白菜」「芋」などのように漢字表記のものもあります。ただし芋は芋でも「里芋」は漢字表記、「ジャガイモ」はルールどおりの片仮名表記です。
用字用例辞典における植物の名前の表記は非常に奥深いです……。（全く覚えられない）