平仮名にすると全くわからないですが、漢字では「杭」と書ける言葉です。通常漢字表記されていることがほとんどですが、用字用例辞典では平仮名で表記するルールです。
一般的な会話では「出るくいは打たれる」なんかの比喩的な感じで使われることが多いでしょうが、私の仕事は土木工学系の会議が多いので、そもそもの意味の「地中に打ち込んで支柱や目印にする棒」（デジタル大辞泉より）の意味で使われることが圧倒的に多いです。というか、「出るくいは～」が会話に出てきたことは、私の記憶ではありません。
ですが、冒頭に「平仮名にすると全くわからない」と書きましたけれども、お客様のわかりやすく表記してほしいという要望により、用字の例外として「杭」で表記されることが結構あります。
それは依頼時に注意事項として伝えられることもありますが、入力様式として受け取る前回の会議の議事録でそうなっていることもありますので、私は土木工学系の会議で「くい」が出てきたときには、必ず前回の議事録を検索するようにしています。