何をどう使い分けるのかと思う方もおられるでしょう。
辞書では別項目として書かれていますが、「針路」の意味の一つに「進路」とあります。つまり一般的には同じ意味で用いられる言葉でもあるんですけど、かぶらない部分がありまして、それが用字用例辞典に記載のある「羅針盤の針の向きから決めた船舶、航空機の進むべき方向」の場合です。ええ、非常に限定的です。
昔のアメリカ映画で「北北西に進路を取れ」というのがありまして、タイトルだと名称なのでこのままの表記ですが、通常船などでそのような方向についての指示があった場合は、「北北西に針路をとれ」という表記になります。
ただし、航空機の「進路権」については航空法施行規則に定めがありますので、例外として「進路権」という表記となります。例外のさらに例外という感じです。間違いそうですね。