両方読みは同じですが、どう使い分けるのかというと、名詞の場合は送り仮名なし、動詞の意味がある場合は送り仮名ありです。
具体的には、
例）隣の家と１００メートル離れた田舎に住んでいる。
似たような家が隣り合った住宅地だ。
今はほとんど使わないと思いますが、「隣る」という動詞がありまして、そちらの意味で用いる場合は送り仮名ありということです。
調べたら、芥川龍之介の小説なんかにも「隣る」という動詞は使われているようで、１００年足らずでこんなに日本語は変わってしまっているんだと何かしみじみした思いを持ちます。