読みはともに「ハイスイ」です。
「排水」はもうおわかりでしょうから特に解説はしませんが、「配水」のほうは、文字のとおり、「上水道などの水を給水区域内に配給すること」（デジタル大辞泉より）です。
つまり、同じ水に関する言葉でも、「排水」のほうはもう使用済みあるいは不要な水が対象であり、「配水」のほうは今から使う水が対象であります。地方議会で両方ともよく出てくるのですが、「排水」は下水道関係の話で、「配水」は、上記の意味で「上水道など」とあったように、大概上水道関係の話で出現します。
ときれいに区切れれば簡単なんですが、農業の分野ですと、必要な水を配り要らない水を流すのは一つの部署での対応となりますから、きちんと内容からどちらの言葉か判断しなければなりません。また、日本語入力ソフトによっては、直前に「排水」と変換したのに次はなぜか「配水」に変換されたりしますので、ぼんやりチェックをしていると間違いを見落としてしまうことになります。たちの悪いことにアクセントが全く同じであるため、ちょっと気を抜くとすぐ見落としてしまいます。私も３回目の聞き直しで気づいたことが多々あります……。本当に注意が必要です。