どう使い分けるかといいますと、
例）靴を履いた。
靴下をはいた。
と、「靴」に「下」がつくかつかないかで違ったりします。
これはどういうことかといいますと、まず辞書で調べると、「はく」の項には表記できる漢字が複数示されているんですが、以下のように意味でその表記を使い分けるように記載されています。
１.（穿く）衣服などを、足先から通して下半身につける
２.（履く）履物を足につける
３.（佩く・帯く）刀・矢などを腰につける。身に帯びる
（デジタル大辞泉より）
そして用字用例辞典を見ますと、上記辞書の２の「履」は漢字表記で、１と３の「穿」「佩」は平仮名表記である旨が記載されています。
つまり、冒頭で挙げた「靴下」は、履物ではなく、足先から通して下半身につける衣類ですから、履物である「靴」とはそもそも日本語として漢字を使い分ける必要があるということですね。
日本語は本当に奥深いです。