「コケ」と発音する言葉は、漢字で書くとすると「虚仮」と「苔」とがあります。
何となくですが、「虚仮」のほうを片仮名で表記されているものが多い気がしますが、用事用例辞典では片仮名表記は「苔」のほうです。
例）日陰にはコケがびっしり生えていた。
大勢の前であんなことを言われて、こけにされた気分だ。
用字用例辞典には「動植物は基本片仮名表記」という基本ルールがありまして、厳密にいうとコケは植物ではないものも含まれているんですが、それに準じてということなのでしょう。
ちなみに、用事用例辞典にはほかに「片仮名で書く慣用のあるものも片仮名表記する」という基本ルールがありますが、「こけ」はそれに含まれなかったようですので、間違えないようにしなければなりません。
なお、慣用で片仮名表記することになっているものとしては、「コツ」「コク」「ツケ」などがあります。