このカテゴリーもしばらく同音異義語ばかりだったような気がするので、久々にザ・使い分けという感じのものです。
まず、基本的に「棚」は漢字表記です。「棚上げ」「棚卸し」「棚ぼた」などいろいろありますが、「棚」は漢字表記です。
しかし用字用例辞典を見ているとその中で、「たなざらし」だけが平仮名表記になっています。
なぜこの「たな」は平仮名なのか、それは、用字用例辞典の「たなざらし」の項目を見ればわかります。用字用例辞典に書かれている「たなざらし」の漢字表記は、「店」になっているのです。
「店」を「たな」と読む場合、用字用例辞典では平仮名表記のルールです。ですから、私は「たなざらし」の「たな」は「棚」と思っていましたので漢字表記という認識をしていましたが、用字用例辞典上のルールに沿った表記で「たなざらし」という平仮名表記になります。
さて、「私は棚を使うと思っていた」と書きましたが、一般的にはそれも間違いではありません。辞書（デジタル大辞泉。以下同じ）で「たなざらし」の項を見てみると、「店」とも「棚」とも書けるようです。しかし、用字用例辞典では「店」のほうとして平仮名表記です。気をつけなければなりません。
ちなみに、この「店」を「たな」と読む場合は、この「たなざらし」だけでなく、「たな子」「たな立て」など借家関係の言葉もあります。恐らく一般的には漢字表記でしょうから、この場合も気をつける必要があるでしょう。