これまた、「何が違うのか」と言われそうな感じですね。
しかし、後者のほうは「もくと」と読みます。意味は前者の「めど」と同じです。「目的」という意味もあるようですが、私はその意味で使われたのを聞いたことはありません。
というか、そもそも「目途」が、この仕事を始めて初めて知った言葉です。
意味が全く同じなので例文を挙げることはしませんが、「目途」のほうはかなりかたい言い回しのような印象です。お役所的という感じでしょうか。
「目途」は、他のかたい言い回し同様に自分の口から発せられることは一生ないような気がいたします。