これは、非常にまぎらわしい言葉二つではないかと思います。しかし、辞書にもきちんと別の意味として載っている言葉です。
デジタル大辞泉には、「実動」は「実際に車両や機械などを運転すること。また、実際に稼働すること」で、「実働」は「実際に仕事について働くこと」とあります。
こう意味だけ言うとわかりづらいですが、例を挙げればわかりやすいかと思います。
（例）きょうは休憩が３０分しかとれなかったので、実働台数は８時間半だ。
この機械の実動台数は、１台しかない。
両方ともそんなに出てくる言葉ではないので、うっかり見落としてしまいがちだと思いますが、意味が全く違うので、注意が必要です。