昔、漢字を見た外国人が「家がいっぱいある」と言ったという漫画を見たことがありますが、この字を見るたびにその漫画を思い出します。
個人的には家というより小学校の校舎を連想しますが、そんな表記の「凹凸」は、「オウトツ」のほうです。
「きょう」「今日」
と同じで、和語は平仮名、漢語は片仮名になっております。
まあ、表記を間違いがちな「きょう」「今日」と違って、「おうとつ」と平仮名で書くのも妙な感じなので、「でこぼこ」のほうを「凹凸」と書かないようにだけ気をつけたらよいのではないかと思います。
ちなみに、私が今まで受けた仕事の中では、「でこぼこ」と発言する場合のほうが圧倒的に多かったです。というか、「凹凸」のほうは割合にして１％もなかったような気がします。