これは生活の中であまり気にかけられたことはないのではないかと思いますが、実は全く意味が異なります。
「健診」は健康診断の略で、「検診」は特定の病気かどうかを調べる診察のことです。
この表記については、用字用例辞典だけのルールではなく、一般的にこういう意味で使い分けられております。
（例）特定健診
３歳児健診
がん検診
肝炎ウイルス検診
わかっていてもついうっかり変換ミスをして見逃しがちであるので、
そういう言葉が出てくる会議のときには、私は最後に必ず「検診」「健診」のキーワードで検索して確認をしております。