もはや何が違うのか全くわからない方もおられるのではないかと思われますが、
これも使い分けの必要な表記になります。
この使い分けを理解するには、まず海の中に生えているものについての理解が必要となります。
海の中に生えているのは、ワカメやコンブなどの藻類が多いんですが、
アマモなど、一部、花が咲いて種ができる種子植物も生えているんですね。
というわけで、使い方としては、
（例）あそこにはワカメやコンブなどの海藻が生えている。
あそこにはアマモやコアマモなどの海草が生えている。
となります。
つまり、それが種子植物のことを話しているのか、藻類のことを話しているのかの判別が必要となります。
ただ、種子植物で出てくるのは大抵アマモなので、それさえ気をつけていれば大丈夫なような気もしないでもないです。