コンピュータ・グラフィックスの活用-Avogadro(アボガドロ) | 貯え 小道具 興味ない?

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POV-RayをMacで使い始めました」にPOV-Rayのサンプル画像を載せたのですが、

「これが分子モデルに見えた」というコメントを頂きました。実は最初の職場は化学メーカーだったので、詳しくはないのですが、化学も少しはお世話になりました。その発想からすると、この丸い部分が例えば水素でそれが3つ集まっている分子のモデルに見立てると「三重水素(トリチウム)」になります。ただ結合距離などを考慮した画像ではないので、トリチウムの様に見えるというだけの画像です。

 

 

何か他に分子モデルを画面に表示するビュアーが無いかと探したところ、見つけたのが、オープンソースのフリーのアプリケーションの「Avogadro」です。(参考:「Avogadroを使って分子構造のモデリングを行う」)Avogadroにリンクしたサイトからアプリケーションをダウンロードすれば、画面に分子モデルを表示できます。(Windows/Linux/Mac対応)

表示サンプルは、アプリケーションに同梱されていたサンプルデータの「グラファイト」(linkはWikipedia)です。

3次元モデルなので画面で分子を見ながら、マウスを動かせば、違う角度から分子モデルを見ることができます。

 

ちょっと懐かしくなって、化学・生物向けの分子モデル描画アプリケーションを探した結果です。

 

また、古い書籍なのですが、講談社ブルーバックスには8cmCD-ROMでOld Mac/Windows95対応の分子モデルビュアー(Web Lab Viewer)が付いている書籍もありました。

 

「Web Lab Viewer」の新しいものが無いかと探しては見ましたが、入手が難しそうでした。

 

#追記(2023/11/19)

M1 MacのmacOS 12以降に対応しているアプリケーションに「Structures」がありました。

 

同じグラファイトのデータを表示させた時の画像がこの様になりました。恐らく分子モデルの扱うデータが違うのだと思います。

 

#追記(2023/11/19)

もう1つAppStoreで、化学のアプリケーションを見つけました。「Chemy」というもので、macOS Sonomaで動くアプリケーションです。

類似のデータを探してみましたが、グラファイトは見つかりませんでした。代わりに「グラフェン」のデータは入っていたので、表示させてみましたが、こちらは2次元描画でした。(参考:「グラファイトとグラフェンの違い」)

このアプリケーションには元素の周期律表も含まれているので、少し内容が異なります。