毎日新聞の記事からです。
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20120601-00000008-mai-soci
従業員にみなし残業代を支払っていたそうですが、実際の残業時間がみなし残業時間をオーバーしていても、その超過分を支払わず、残業時間も長い、ということで、未払い分の清算と残業時間の短縮の指導を受けたそうです。
みなし残業代を支払うことは違法ではありませんが、残業時間がみなし時間をオーバーした場合は、その差額を支払わないといけません。
こういった労務管理が万能だと思っているコンサルトさんもいますので、注意してください。