At first this was challenging because publicly available data sets from the original study were incomplete and poorly labeled. But once Park’s team members had gathered enough data, they were able to determine in less than a month that the initial studies were problematic.
上記の文章ですが、onceの意味ですが、“以前に”の意味がありますね。また、続きの文章は過去完了形になっています。この意味ですが、遺伝子データが公開された以前に、パークらのチームが遺伝子の十分データを得ていたので、（公開データ後？）１か月以内に解析したという意味にとれます。
すなわち、過去完了形を考慮すると、公開遺伝子が出る前、すでに解析が可能となる遺伝子データがパークらのチームに漏れていたとの推論が出てきます。
もちろん、推論ですので、証拠はありません。この英文からはそのように読めないか？の問題提起です。
また、これは記者が書いたもののようですので、何か勘違いですと言われてしまえば、それまでですけど・・・。
HMSニュースの以下の部分もやや気になる書きぶりです。
以下の英文は、正しい遺伝子データを適切な時期に公開データベースにアップする事を、雑誌編集部は推進すべきと言っています。
STAPではその原則が行われていなかったと言っているのでしょう。つまり、STAP論文では、正しくない遺伝子データが適切でない時期にアップされていたと言いたいのでしょう。必ずしも再発を防げるものではないが、実行可能なセーフガードになると言っています。
“At the very least, journals should enforce proper annotation and timely deposition of datasets into public databases,” said Park. “It won’t prevent this sort of thing from ever happening again, but it is an easily attainable safeguard.”
論文発表後のたったの１週間での、有名科学者からの連名の抗議メイルがありました。
この時、小保方氏は、CDBセンター長の竹市氏に呼ばれているのですが、センター長の部屋には、肺魚がゆらゆらと泳いでいたと「あの日」に書かれています。
この文章から、小保方氏は呼ばれた理由を察知して、覚悟もできていたかのような印象を受けます。
彼女は、「あの日」に、”だから大変なことになるって言ったじゃないですか”とも言っています。
分子生物学会の大騒ぎぶりからして、日本では論文発表前に遺伝子データが洩れていた可能性が高いと、本ブログで言っています。当然、これに対する批判は免れません。推測でものを言うな！とのおしかりがあります。
しかし、「ねつ造の科学者」の多くの記載部分において、マスコミへの事前漏れを疑わせます。
｛ねつ造の科学者｝７０頁に、STAP細胞がESだったかもしれない可能性を、（須田氏が）研究者（若山氏）の口から直接聞いたのは、これが初めてであったと書かれています。
３月９日と、若山氏が論文撤回を呼びかけた日です。
いずれにしろ、早い時点で、マスコミ人は、ES細胞の情報を入手できる立場にいました。
それは日経サイエンスの著者である詫摩氏も同様です。
以前にも書きましたが、２月６日、論文発表から１週間で、若山氏は詫摩氏を山梨に呼んで語っています。
「今回、僕はマウスをつくるテクニシャンだった。なのにコレスポにしてもらって申し訳ない気がする」
などと発言したことが、日経サイエンス２０１５年に載っています。
若山氏は、STAP論文に対する責任を放棄した決意をマスコミに披露したかったのかもしれません。
すでに若山氏は、論文発表前から、論文撤退の姿勢を示しています。
画像をそのまま説明なしに小保方氏に渡したり、アーティクル論文に幹細胞の記述も加わることを黙認しています。
このあたりの若山氏の心境は伺い知ることができませんが、若山氏、小保方氏の関係は冷えた関係だったと思いますが、それでもお互いに相手の立場を配慮して、だまっていたのかもしれません。
実際に、STAP論文発表の華やかな記者会見の席に、若山氏は共著者として出席しています。
この時、若山氏と小保方氏で、交わした会話が、「思ったより人が多いね」とか「発表良かったね」とのことでした。
本当は、発表前に、もっともっと、二人で議論すべきことが山ほどありました。
小保方氏はそうしたかったと思います。
両者にとって、大変不幸な成り行きだったのは間違いありません。
こうした著者不在による論文が世にでた結果、小保方氏がその責任追及の矢面に立たされました、一方、若山氏は論文の守るのではなく、追及する立場になりました。そして論文の複数の箇所の問題点をマスコミに暴露しました。
小保方氏は、自身のデータではない幹細胞実験を、アーティクル論文に組み込むことのつらさを「あの日」に書いています。リバイス論文のために、幹細胞を培養し直したり、GRASと交渉したりは、小保方氏にとって、孤独でつらい作業だったと思います。
小保方氏が公共データベースに登録した遺伝子データが公開されたのを入手し、それから解析を行ったのだから、当たり前の時制ですよね。
公共データベースにアップされたのは1回なのですよね。そうすると初回データに問題があり不完全だったことがわかったというのであれば、初回データを補正するさらなるデータを手に入れたという意味にとれませんか？
単に時制の問題なら、onceもいらないと思いますけど・・・。
> すなわち、過去完了形を考慮すると、公開遺伝子が出る前、すでに解析が可能となる遺伝子データがパークらのチームに漏れていたとの推論が出てきます。
この推測は、英語の文章からは、明らかな間違いだと言えると思います。
「Once 現在完了形～」というのは、慣用的な言い方で、「～が完了したら」という意味です。
参考 www.eigowithluke.com/2011/10/once/
これを、過去の自制にしたものが、問題にされている文章です。特に深い意味はないと思います。「しかし、いったん充分なデータを集め終わったら、それから一か月もしないうちに、最初の研究（つまりＳＴＡＰ研究）に問題が多いことが分かった」という意味です。その直前の文章で、それより以前に "publicly available data" を扱ったことがわかるので、「いったん充分なデータを集め終わったら」は、データが公共データベースに公開された「後」のことだと分かります。
「十分にラベルされていないなどの理由で、公開されているデータを解析するのは最初は難しかった。しかし、いったんデータを集め終わったら、一か月もしないうちに最初の（ＳＴＡＰ論文に記載されていた）研究内容には問題が多いことが分かった。」
二つほど前の記事にコメントしたのですが、読まれてないのでしょうか？
1月末のnature論文本体には、遺伝子に関する十分なデータは記載されてなかったが、その後、公共データベースに公開された遺伝子データを解析した、と考えるのが普通だと思いますよ。
歪んだ心で読むと、あらゆる情報も歪んで解釈してしまうようですね。
日経サイエンス2014年8月号P.60より引用します。
・・・・
CDBに自己点検検証委員会は6月12日の記者会見で、一連の遺伝子解析は論文投稿後の2013年5月から8月に行われたと語った。若山氏は山梨大へ移った後の事だ。「FI幹細胞はES細胞とTS細胞の性質を併せ持つ、STAP幹細胞よりもTS細胞に近い細胞」という論文の主張は固まっていただろう。論文の査読者や、実質的に論文を執筆していた笹井氏とのやり取りの中で、主張を補強する追加データを取りたいとの思いもあったかもしれない。
図2iの樹形図は、まさにその主張を完成させるデータである。小保方氏はこのデータを得るためにES細胞とTS細胞を混ぜ、遺伝子解析チームに依頼したのではないだろうか。
・・・・
han*****さんによると、丹羽研のメンバーが培養•サンプル調整を行ったものを追加して作図に用いたと、報告書の内容を教えて下さいました。 丹羽研のメンバー、何方でしょう？
Ooboeさんが色々調べていらっしゃるようですから、ご存知かもしれませんね。
日経サイエンス2014年8月号の記事は、当時のSTAP細胞＝ES細胞混入説を大きく後押ししたものですが、科学的には各方面から疑義が出て、いまではあまり顧みられなくなっていますね。
そもそもの「解析の鍵となったのは「SNP解析」と呼ばれる手法である」と記事（56ページ）には書かれていますが、この手法に対しては以下のような「科学的」批判が出ています。
①「遠藤高帆博士のSTAP細胞解析論文」（眞葛只野由貴のホームページ、http://radiation-japan.info/journal/science/stem_sell/stap-cell9.html）
（続く）
②遠藤氏主張を否定する外部委託評価書の存在⇒「・（2014年）5月19日外部有識者から「内容はほぼ再現でき、その意味では正しい。しかしながら、その解析結果をもってSTAP細胞＝ES細胞と結論づけることには無理があると思われる」との報告を受けた。」（「遠藤氏の解析は、外部識者の検証報告でほぼ全否定されていた－佐藤貴彦氏の新刊より」理研STAP細胞論文調査委員会報告、改革委提言等への根本的疑問、https://blogs.yahoo.co.jp/teabreakt2/17689767.html）
同趣旨の別の記事⇒「遠藤氏の解析によるES細胞説を「無理がある」とした理研依頼の外部有識者の評価内容は？」理研STAP細胞論文調査委員会報告、改革委提言等への根本的疑問、https://blogs.yahoo.co.jp/teabreakt2/16621502.html）
（続く）
また、同記事の「小保方氏はこのデータを得るためにES細胞とTS細胞を混ぜ、遺伝子解析チームに依頼したのではないだろうか」という疑問に対しても、以下のような「科学的」疑義が出されています。
「「STAP細胞事件」-崩れていく捏造説の根拠（1）」（和モガ、http://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-128.html）
「「STAP細胞事件」-崩れていく捏造説の根拠（2）」（和モガ、http://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-129.html）
「STAP細胞事件」-崩れていく捏造の証拠（3）」（和モガ、http://wamoga.blog.fc2.com/blog-entry-130.html
平成27年3月理化学研究所
参考資料P.70
< 参考情報>
3月5日、ブログ上で公開NGSデータ解析結果が掲載。(理研ではこの結果について外部有識者に検証を依頼。5月19日にこの結果からSTAP細胞がES細胞であることを結論付けるには無理がある旨回答をいただいている。) ~
これは遠藤さんのブログの事でしょうか？
実際の解析の詳細や、学問の状況を理解せず、非専門家の著書の「外部識者の検証報告でほぼ全否定されていた」という言葉だけを引用し続けるのは、デマの拡散と言って良いでしょう。
しかし、その後、論文で発表されたＳＮＰｓを用いた一連の結果は、何度も言いますが、理研の科学検証グループによっても、国外のグループによっても確認されています。
こういう流れを理解しないと、言葉（「遠藤氏のＳＮＰｓを用いた解析は否定されていた」など）だけが一人歩きし、デマになりえると思います。
"Once with simple past or past perfect" -> 424.1
（Once 過去形、Once 過去完了形 の２つの形があり、使い分けがあるということを言っています）
424.1
... However, we can use the past perfect with after, as soon as, etc (註：項目にはonceも含まれます) to emphasise that the first action is separate, independent of the second, completed before the second started.
As soon as he had finished his exams, he went to Paris for a month.
理研や海外のグループによって確認されたというのは、二回目の論文のことですか？
最初のはネイチャーに却下されましたから。
それと、遠藤さんは自身のツイッターで、マウスに詳しくないから教えて下さいと、色々聞いていらっしゃいます。
アクロシンのプライマーがちがうとどうして指摘できたのでしょう？
少し補足すると、私の情報が間違いでなければ、最初に遠藤氏がnature誌に投稿してrejectされた解析方法は、外部識者の東大Ｓ教授からも条件によって結果が異なる解析方法に問題ありと否定されましたが、その後、遠藤氏が間違いを認めて解析方法を改良し、解析をやり直したところ、先の東大Ｓ教授からも『今回は間違いない。こちらも，検証の結果，同じ結果を確認した』と認められたのです。
その後、東大のみならず、海外の施設でも理研の不正調査でも、同じ結果になったというのは、kanso3さんも書かれた通りです。
擁護派が念仏のように唱えている、遠藤解析は外部識者に否定されたという話は、最初の論文rejectの時の話なんですね。
その解析結果、FI-SC3がES細胞とTS細胞の混合物、STAP細胞と称して解析に出された細胞はトリソミーのES細胞、などに違いはなく、多数の専門家の解析でも確認されたのです。
おそらく細胞を扱ったことも遺伝子データを解析したこともない非専門家が、専門用語を調べ調べ妄想した、ナンチャッテ科学的考察で否定されたとか、本気で信じているのでしょうか？
眞葛只野由貴さんって真葛原雪さんのことですか？
確か、若山先生の血液からES細胞を作った、とかtweetしてた人だと思いますけど、ES細胞は受精卵から作るわけで、血液からは作れません。
この人の言うことは信じない方がいいと思います。
根本的疑問さんは素人、和モガさんはただの判官贔屓の陰謀論推進派だと思うので、あまり興味ないです。
遠藤さんのGenes to Cell の論文、遠藤さんお一人の著者になっています。
実験も全てお一人でなさったんでしょうか？
プライマーの件もよろしく。
"Contribution of human embryonic stem cells to mouse blastocysts"
Developmental Biology
Volume 295, Issue 1, July 2006 ,
Pages 90-102
お読みになったことありますか？
遠藤さんはツイッターで"STRが全て同じなら同じと言えるけど違うアリルも出てくるんじゃない"と言われ"今のところはない模様(オフレコ)でも確立的なのはその通りです。繰り返し数が多いほど変異しやすいことはかなり昔から知られています。"とこたえています。
それと論文の実験は何と大日向さんが手伝っているんです。
将棋でいう穴熊戦法みたいな、特定のフィールドだけでの一方的攻撃戦術も印象をおとしている。
擁護の人たちが出している多方面の疑義についてもきちんと反駁すべきですね。
いつも、有用な情報をありがとうございます。このブログのせいで、不愉快な気分にさせてしまったようで、すみません。これにこりず、又、コメント期待しています。
科学の専門家なる人って、その人の専門分野しか知らない事があります。それはそれで職業を全うしていると言えますが・・・・。科学者は自由人で、自分自身に正直に生きてきた秀才でしょう。しかし、こうした人は歳取ってから、思い込みが強く不利だろうと思います。
いばった科学者で酒飲みの人をみると、ざまーみろと思います。だって、かならず（酒で）頭は悪くなるのに、そこに気づかないだろうから。他人への配慮が無いのは、ある程度、意識的と思いますね。自由人は人付合いも下手ですが、私もそうした類に属するので、反省させられます。一方。会社勤めの人は、他人との付き合いは、ずっと上手でしょう。
まあ、いろいろな人がいますし、匿名のブログは、普段言えないことを吐き出す場でもあります。このブログでは、気長にSTAP事件の問題点を指摘続けましょう。小保方氏が反撃に出るのを期待して。
「たいていの人は、剣によるよりも、飲みすぎ、食いすぎによって殺される」
と言っていますね（笑）
自分も、酒好きなので飲み過ぎに気をつけたいですが・・・
また、同じくオスラー氏の有名な言葉で
「The practice of medicine is an art, based on science.」
というのがありますね。
（アンチの人にも考えてもらいたいので、あえて原文を引用します）
ここのart（技術）が、なぜskillやtechniqueじゃないのかってお話ですね。
これは、教科書や数字だけじゃなくて、究極的には【人を】診るのだということを強調しているのだと理解しています。
先生のブログも、理研の報告書の結果だけではなく、そこに至る人の動き、心理を無視していないのが共感を得ているのだと思います。（ちなみにオスラー氏は昔、仕事で必要があってかじっただけで、私はとくに医療関係者ではないです。）
スタップ事件も、アンチ専門家がテレビでひどい偏向報道をしていましたが、右脳領域で、多くの人が違和感、拒絶感を持ったのではないかと思います。
（この追伸は、先生へのメッセージですので非公開で構いません）
＞いつも、有用な情報をありがとうございます。このブログのせいで、不愉快な気分にさせてしまったようで、すみません。
お気遣いいただきありがとうございます。
ただ、私個人としては、「小保方さんのみ性悪説で解釈して、小保方さんに不利益を与えている人たちを性善説で解釈しようとしている人たち」は、率直な話、利害関係者だと思っています。
ですので、コメントで攻撃する人のコメントをアップするかどうかで、もし気をもまれるようなことがあれば、私への攻撃コメントに関しては心配ご無用です。
承認されるかどうかは、あくまで先生が有用であるかどうかで判断されていただければと存じます。（先生はどの種のコメントにも、忍耐づよく丁寧に返信されていて、じつに大変なことだと存じます。）
確か、部下が不正を行ったらその上司ににも責任があるのは一般社会常識だとか言ってた方が、STAP研究不正においては上司の責任が問われていた事実を認識していなかったことがあったような、、、
そのような情報不足、知識不足の状態の人が、性善説だの性悪説だのと正しく判断できるのか、甚だ疑問です。
これは、科学の専門家非専門家に関係のない、論理の話ですが。
＞いばった科学者で酒飲みの人をみると、ざまーみろと思います。だって、かならず（酒で）頭は悪くなるのに、そこに気づかないだろうから。
随分と歪んだ考え方ですね。
一度、精神科の専門医かカウンセラーに診てもらったらいかがでしょうか？
貴方の考え方では、頭の悪いこと、頭が悪くなることは、何か人間のレベルまで下がるとでもお考えなのでしょうか？
そうなると、すでに頭の悪い人で、お酒好きの人は救いようがなくなってしまいますね。
私自身は、他人に迷惑を掛けないのであれば、多少、自分の頭が悪くなろうが、飲みたい人は飲めばよいとは思いまし、その人がどうなろうがその人の人生なので、いちいち「ざまーみろ」などとは思いませんけどね。