前回の放送で宝太郎、りんね、スパナの連携攻撃によりジェルマンを撃破する事に成功。ところがアトロポスがジェルマンの体内にキューブを埋め込み、何とグリオンが復活したのだ。グリオンは自身の魂とジェルマンの身体をケミストリーし、ギギストとガエリヤを何れ人形にさせる事を警告。
りんねは父・風雅の自宅にあった本を錬金アカデミーに持ち込む。片付けを巡り蓮華と錆丸が揉めているところ、錆丸が宝太郎にぶつかり、宝太郎が持っていた溶液がりんねにかかってしまう。その溶液は身体が動けなくなってしまい、りんねは動けない状態に。ミナトもさすがに動揺する。
スパナが102体目のケミーがいる事をミナトに伝えると、錆丸はその場所を見ると反応を示す。102体目のケミーを探しに宝太郎と錆丸は向かうが、スパナもお目付け役として同行。現地へ向かった宝太郎達の前に「お前らここで何してんだ！」と一喝する男性が現れ、錆丸の兄・鍵一であった。
鍵一が宝太郎達を金剛ラボラトリーに案内し、所長である金剛真美を紹介する。ここでは錬金術で完全なる魂を錬成し、新たなケミーを作り上げるという。だが、それは錬金の掟に背く事になる。しかし金剛は連合から距離を置いて開発に勤しんでいるとの事だ。倒したはずのグリオンが蘇った事を金剛に伝えると、金剛は動揺。
宝太郎とスパナは錆丸が育った施設を案内され、ケミーの絵を見て宝太郎は「ここの子供達はケミーの事が大好きなんだね」と歓喜する。そこに亜琉美という少女が現れ、アイザックを使って「あなた達さっきからちょっとうるさいんだけど」と注意。錆丸も持っているアイザックは最先端のAIを応用して作られたという。
宝太郎は鍵一が錆丸に対して冷たい態度を取っているのが気になったが、錆丸によると昔はそうではなかったらしい。2人にいったい何があったのか。宝太郎と錆丸は再びケミーを探しに行くが、スパナは亜琉美に「ここの秘密が知りたいんでしょ？」と連れて行かれる事に。
動けない状態のりんねに対し、蓮華は動けるようになる溶液を開発。りんねにふりかけると謎の煙が発生し、何等変わらない状態だ。それどころか、蓮華も動けなくなってしまう。亜琉美スパナに「お兄さんしりとりもできないの？」とツッコむと、スパナは「俺は超A級の錬金術師だ」と返す。何か大人気ない(笑)。
その時、施設に謎のマルガムが現れ、人々は逃げ回る。何のケミーが元になっているのか分からないが、宝太郎とスパナはライダーに変身してマルガムと応戦。このマルガムはカメとバズーカ砲が次々と代わり、何か安定しない。蓮華が錆丸が幼少期に描いた画を錬金で暴くと、そのマルガムと同じであった。
金剛ラボラトリーに向かう宝太郎達だが、鍵一が作ったケミーがあった事が明らかになった。スパナが金剛にマルガムが人を襲った事を伝えると、金剛は「私の研究に何もさせないよ」とマルガムに変身。さっきのマルガムだ。カメとバズーカと言えば『仮面ライダーV3』のカメバズーカを思い出す
宝太郎とスパナから2枚のケミーカードを借り、大砲を錬金。すると宝太郎はスパナを大砲の“弾”にさせ、マルガムにとどめを刺した。マルガムから解放された金剛は鍵一達によって運ばれる。しかし倒したマルガムからはケミーは生まれず、このケミーは幻だったのか？
来週はグリオンが本格的に復讐を果たしに来る兆しが見られ、予告を見ると久々にドレッドも現れる。見た感じだと、ドレッドに変身するのは鍵一なのであろうか。また、幻となった102体目のケミーは正式なケミーになれるのか気になるところだ。