前回の放送で親子を守る為にマルガムと化してしまったホッパー1を倒してしまった宝太郎は、絶望に打ちひしがれた上に殻に閉じこもってしまう。宝太郎に絵本の事を教えてあげたりんねも、宝太郎が絶望に陥ったのは自分のせいだと自ら責める。
尚絶望する宝太郎の前に謎の卵が話しかけ、「私は卵だ。名はない」と。卵は「ずっと君のドライバーの中にいたんだ」と宝太郎に伝え、これまでの戦いでずっと宝太郎を見守ってきたという訳だ。奇跡が起きたのは、全て卵のお陰だったという事か。
宝太郎の救出に向かうスパナの前に、ギギストが待ち構えていた。ギギストはスパナが黒い炎を纏ったのは、ギギストから受け継いだモノだという。ギギストはスパナを仲間に誘うも、スパナは頑なに拒む。するとギギストは奪った5対のケミーを使い、ファンタスティックマルガムを誕生させスパナを狙う。
卵は「君とケミー達もよく戦ったよ」と宝太郎を労うが、宝太郎は「ギギストを倒さなければ！」と宣言。しかし卵は「何故君が戦う？ 君は特別な錬金術の才能はない。ドライバーを託されただけの普通の高校生」だと宝太郎に告げるが、「そんな事言われても…」と宝太郎は言葉に詰まる。
ミナトと錆丸が宝太郎が閉じこもった卵の解析データを鏡花に送るも、外部から全て遮断されており解析のしようがない状態だ。りんねは宝太郎はもう戻って来ないと落ち込むと、蓮華が「あんた仮面ライダーやろ！」りんねを叱咤激励。それに発奮したりんねは、マルガムと応戦中のスパナの元へ駆け付ける。
りんねとスパナが共闘してマルガムに挑んだ矢先、ギギストの手により別の場所へミナト達をと共に転送される。残ったギギストは宝太郎が閉じこもっている卵に攻撃を仕掛けるも、ビクともしない状態だ。卵によると、卵の中はケミーカードと同じだという。
宝太郎は「もしかして君、ケミーなの？」と卵に問うが、「どうかな？ この通りまだ生まれていないからね。でも、生まれたいと思わない」と。理由は命を踏みにじられてマルガムにされるのが怖いからだそうだ。すると宝太郎は空腹状態になり、突然目の前が自宅に戻った。母・珠美の作ったオムライスを宝太郎は食べる。
オムライスを食べる宝太郎を見ていた卵だが、宝太郎は卵の為に特別なオムライスを作る。しかも宝太郎は卵の事を「タマゴン」と名付ける(笑)。宝太郎は殻から戻りたいと卵に宣言し、様々なケミーと出会った事を語る。そして卵は宝太郎が作ったオムライスを食べ、外の世界に出たい事を宝太郎に告げる。
宝太郎の事を信じた卵は、遂に宝太郎とガッチャする。マルガムに苦戦するりんねとスパナの前に宝太郎が遂に現れ、卵はニジゴンに生まれ変わる。ガッチャした宝太郎とニジゴンは、レインボーガッチャードへと進化。レインボーガッチャードが放った光が奇跡を導く事に。
りんねとスパナが苦戦したファンタスティックマルガムを宝太郎は圧倒。ギギストが生み出したマルガムを倒すとケミーは再生不能になるはずだが、レインボーガッチャードなら倒してもケミーは無事という訳だ。その時、ホッパー1が現れ、遂に宝太郎と再会を果たす。また、スケボーズとアントルーパーも復活。
これで回収されていないケミーは2体となり、来週は遂に全て回収できるか気になるところだ。全て回収すると、本当の意味での究極体になるのだろうか？ 一方、ギギストも反撃に出ると思うし、最終決戦の幕開けになりそうだ(前回も言ったっけ？)