（クロ288-2006・福知山電車区・2015年10月11日）
289系2000番代は「しらさぎ」に使用されていた683系2000番代を直流化改造したものです。
（「しらさぎ」クロ682-2012・津幡～倶利伽羅・2015年2月11日）
683系2000番代は交直両用電車なので、交流電化区間と直流電化区間の両方を走ることができます。
ちなみにそれぞれの電気方式でのシステムは以下のようになります。
【直流】
直流1500V→交直切換器（直流側）→交直転換器（直流側）→WPC11形VVVFインバータ制御装置（三相交流に変換）→WMT105形三相交流運動電動機
【交流】
単相交流25,000V→交直切換器（交流側）→WTM27形主変圧器（交流1,500Vに降圧）→WPC12形主整流器（直流1,500Vに変換）→交直転換器（交流側）→WPC11形VVVFインバータ制御装置（三相交流に変換）→WMT105形三相交流運動電動機
つまり交直転換器から主電動機までは共通の回路となります。
直流化するためには交流機器を撤去もしくは使用停止とすればいいわけです。
683系2000番代はパンタグラフや交流機器をTp車に搭載するTp-Mユニット方式を採用しています。それは交流機器を電動車に搭載することは床下スペースの関係で難しいからです。
直流化された289系2000番代も683系2000番代の名残から付随車にパンタグラフが搭載されていてT-Mユニットを組んでいます。
（クロ288-2006・福知山電車区・2015年10月11日）
写真を見る限りでは交流用の屋上機器や主変圧器もそのまま搭載されているように見えます。
（サハ288-2006・福知山電車区・2015年10月11日）
電動車はパンタグラフを搭載していないものの、もともと直流機器を搭載している車両なので、システム的には223系などの直流電車とほぼ同様です。
（モハ289-3406・福知山電車区・2015年10月11日）
VVVFインバータ制御装置は1C1M個別制御方式で、ひとつのインバータが故障しても運転を継続することができます。これは233系に始まる1M電車の基本構成です。
（クモハ289-3513・福知山電車区・2015年10月11日）
683系2000番代は5両編成と3両編成がありましたが、289系2000番代では「くろしお」用6両編成と、「こうのとり」「きのさき」「はしだて」用の4両編成。そしてそれぞれに増結用の3両編成という構成になるようです。
289系1000番代の運行開始は10月31日から。そして381系の運行が終了します。