★現状では通常運賃と電車特定区間、大阪環状線内特定運賃、それに↓の記事にもある、他社線と競合する区間の特別運賃と複雑です。
特に他社線競合区間での特別運賃のおかげで、この区間を挟んで利用する場合に、例えば京都駅とか大阪駅から先に進むと、運賃がドーンと上がるという問題は以前からありました（現在は通常運賃との価格差は以前に比べると縮小していますが、それでも高くなる）。
これが是正されるのはありがたいことなんですが、昼間割引を含めてお得な回数券がなくなり、終電は早くなったし、今度は運賃調整で実質値上げの地域も出てくる？？速さと、広域移動や新幹線との接続という点、そして京都ｰ大阪間ではJRと他社線では京都側の着駅が違いますし（JRは京都、阪急は烏丸や京都河原町、京阪は祇園四条や三条京阪）、値上げされてもJRの完敗、ということにはならないと思います。わたしも、大阪遊びに行く（or帰ってくる）のは今はたいてい阪急ですが、どうしても急ぐときはJR使いますし。
ただ、京都側の駅によっては（東福寺とか山科あたり？）現状でも速さを考えなければ他社線のほうが安いケースもあり、今後JRの運賃がどう動くかは注目しておきたいところです。