★ん？電気で走るから、ガソリン車みたいに燃料課税ができないからって？？
ま、GPS付けて走行距離取るのもいいような気もしますが・・現行のルールをあんまり変えたくないのなら、素直に、「自動車用電気」に税金をかければいいような気もします。現在も、自動車用とそれ以外用で、LPガスや軽油は税率が違いますよね？？なら、CO2排出量と車格クラスごとの平均燃費（電費か？）を考慮して、1kWhあたりで適当な金額を課税すればいいだけでは？
新型車には、クルマにそれ用のメーターを付けて、充電ごとに国税庁のクラウドにアップさせる、古いクルマはクルマの充電ソケットに後付けすればいいと思います。いつだっかたのauの通信障害みたいなのが起こると、税額アップ不可になるかもしれませんが、その時は昔のクレジットカードみたいに、後から伝票で報告とか(笑)
あと、重量税はEVやHVが重たいので不利？なら、いったん今まで通りのルールで課税して、後から適正な軽減措置をとればいいかと。