★2/19のYahoo!ニュースより。
Yahoo!ニュース・IT/科学(2/18)
http://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20150219-00000004-hatenan-sci
記事にあった「時計の電池が切れたけど、買い置きがない。手元にあったエネループを入れるのは適切か？」という状況なら、エネループは充電式だし、時計用に乾電池が用意できたらその時点で新しい乾電池と交換し、エネループは充電して次の使用に備える・・というのが、わたし的には正解と思われます。
ちなみに、各種乾電池・充電池の最適な用途については、こちらをどうぞ。
パナソニック：個人向け商品・サポート「使用機器に最適な電池は？」
http://csknowledge.panasonic.co.jp/app/answers/detail/a_id/18158/c/37996%2C37997%2C37999
時計やストロボなど、性能や安全性維持のために、機器の取扱説明書で使用電池が指定されている場合もありますので、その場合は指示に従って、指定された電池を使うのがベストです。
ただ、マンガン電池の「黒」が適切な時計やリモコンであっても、最近は100円ショップは別として、家電量販店やホームセンターではアルカリ電池しか置いてない場合が多いので、備蓄の手間を考えるとアルカリで統一するのもいいかもしれないです。
ただ、アルカリ電池は寿命がくると、内部のアルカリ液が漏れて機器を痛めることがあるので、電池の点検は忘れずに行なってくださいね。