Ubuntu 16.04 α版の挙動不審の原因が判明しました。
光学マウスの不良です。長期保管のマウスなので、ICが劣化？
同じPCのDebianでも、他のPCでも不具合現象を確認。
「☓」をクリックすると、際限なく新しい窓が開く現象が再現しました。
マウスを交換すると、正常動作しました。
道理で、端末からアプリが立ち上がる訳です。
つくづく、メニューを削除したのが悔やまれます。
もう一度、Ubuntu 16.04 α版をインストールし直すか？
現状のまま、Openboxにメニュー登録して、使い続けるか？
思案のしどころです。
いたずらのマウス齧って乱れ飛ぶ