Unnaturalness
Unnaturalness in the evolution process of the SARS-CoV-2 variants and the possibility of deliberate natural selection
SARS-CoV-2変異株の進化過程における不自然さと意図的な自然選択の可能性
田中敦：大阪医科薬科大学, 研究支援センター, 助教
宮沢孝幸：京都大学医生物学研究所附属感染症モデル研究センター准教授、博士（獣医学）
https://zenodo.org/records/8216373
※以下「概要」と「考察」の部分だけを抜粋
Over the past three years, severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2) has repeatedly experienced pandemics, generating various mutated variants ranging from Alpha to Omicron.
過去 3 年間にわたり、重症急性呼吸器症候群コロナウイルス 2 (SARS-CoV-2) はパンデミックを繰り返し、アルファからオミクロンまでのさまざまな変異型を生成しました。
In this study, we aimed to clarify the evolutionary processes leading to the formation of SARS-CoV-2 Omicron variants, focusing on Omicron variants with many amino acid mutations in the spike protein among SARS-CoV-2 isolates.
本研究では、SARS-CoV-2分離株のうちスパイクタンパク質に多くのアミノ酸変異を有するOmicron（オミクロン）変異体に焦点を当て、SARS-CoV-2 Omicron変異体の形成に至る進化過程を解明することを目的とした。
To determine the order in which the mutations leading to the formation of the SARS-CoV-2 Omicron variants, we compared the sequences of 129 Omicron BA.1-related isolates, 141 BA.1.1-related isolates, and 122 BA.2-related isolates, and tried to dissolve the evolutionary processes of the SARS-CoV-2 Omicron variants, including the order of mutations leading to the formation of the SARS-CoV-2 Omicron variants and the occurrence of homologous recombination.
SARS-CoV-2 オミクロン 変異体の形成につながる変異の順序を決定するために、オミクロン BA.1 関連分離株 129 株、BA.1.1 関連分離株 141 株、BA.2 株 122 株の配列を比較しました。
研究者らは、SARS-CoV-2 オミクロン変異体の形成や相同組換えの発生につながる変異の順序など、SARS-CoV-2 オミクロン変異体の進化過程を解明しようと試みた。
As a result, we concluded that the formations of a part of Omicron isolates BA.1, BA.1.1, and BA.2 were not the products of genome evolution as is commonly observed in nature, such as the accumulation of mutations and homologous recombinations.
その結果、我々は、オミクロン 分離株 BA.1、BA.1.1、BA.2 の一部の形成は、自然界で通常観察される突然変異や相同組換えの蓄積などのゲノム進化の産物ではないと結論付けました。
Furthermore, the study of 35 recombinant isolates of Omicron variants BA.1 and BA.2, confirmed that Omicron variants were already present in 2020.
さらに、オミクロン 変異体 BA.1 および BA.2 の 35 の組換え分離株の研究により、オミクロン 変異体が 2020 年にすでに存在していたことが確認されました。
The analysis we have shown here is that the Omicron variants are formed by an entirely new mechanism that cannot be explained by previous biology, and knowing the way how the SARS-CoV-2 variants were formed prompts a reconsideration of the SARS-CoV-2 pandemic.
ここで示した分析は次のとおりです
オミクロンの変異体は、これまでの生物学では説明できないまったく新しいメカニズムによって形成されることがわかっており、SARS-CoV-2の変異体がどのように形成されたかを知ることで、SARS-CoV-2のパンデミックの再考が促される。
考察
オリジナルのSARS-CoV-2ウイルスは、実験室での偶発的な流出事故に由来するという仮説がいくつか提唱されている。
近年のバイオテクノロジーの発展により、コロナウイルスを含む多くのウイルスが人工的に合成され、様々な実験に用いられている(20-22)。
実験室内で人工的に変異ウイルスを作り、変異を導入してウイルスの表現型を研究することは「リバースジェネティクス」と呼ばれ、ウイルス学では一般的な手法である。
SARS-CoV-2は、SARS-CoV-2のフリン切断部位にアルギニンをコードするコドン(CGG)が連続して存在することが不自然であるため、人為的に生成されたものであると主張されている；
1) 遺伝子操作されたウイルスがこのような最適でないフリン切断部位を利用する論理的理由はない。
2) SARS-CoV-1のSタンパク質のS1/S2境界におけるフリン切断部位の人為的挿入に関する、偽型ウイルス実験系を用いた唯一の先行研究では、SARS-CoV-2に存在するフリン切断部位の配列とは異なる、最適な「RRSRR」配列が用いられている。
3) 武漢ウイルス学研究所では、コロナウイルスに完全なフリン切断部位を人為的に挿入した過去の研究の証拠もない。
4) フリン切断部位のアルギニンに隣接する非天然CGGコドンはコロナウイルスでは稀であるが、SARS-CoV-1、SARS-CoV-2、および他のヒトコロナウイルスでは特定の頻度で観察される。
しかし、これらは宣言に過ぎず、非論理的である。自然界に存在するウイルスがなぜ最適でないフリン切断部位を利用するのか、誰も説明していない。
このフリン切断部位やCGGコドンを人為的に挿入することが技術的に可能かどうかについても言及されていない。
Sタンパク質に多塩基性のフリン切断部位を挿入することは、SARS-CoV-2が天然に存在するウイルスか人工的なウイルスかを論じて結論することを不可能にしている。
オミクロン変異体のSタンパク質には多くの変異が蓄積しているにもかかわらず、そのほとんどは非同義変異（註）であり、同義変異はc25000uの1つだけで、極めて不自然であることから、オミクロン変異体は人工的に合成されたものであるという仮説が導かれる。
（註）●非同義変異（Nonsynonymous mutation）：
アミノ酸が置換する変異
✓ ミスセンス変異：アミノ酸が別のアミノ酸に置換する変異
✓ ナンセンス変異：アミノ酸が終止コドンに置換する変異
●同義変異（Synonymous mutation）：
アミノ酸が置換しない変異 （サイレント変異と同義）
詳細は「進化生物学 夏の学校」東京都立大学
講義をもっと理解するために
～知っておくと便利な用語集
https://evolgen.biol.se.tmu.ac.jp/sesj/nenkai/2003/yougo.pdf
P3～P4
同義置換と非同義置換
本研究で示された以下の結果は、オミクロン変異体が自然発生ではなく、人工的に合成された可能性があるという仮説が支持される：
1）突然変異部位の1つが武漢型であるオミクロン変異体関連分離株の存在；
2)これらの分離株では、Sタンパク質の同義変異がほとんど見られない；
3）2021年11月24日に南アフリカからWHOに最初に報告されたはずのオミクロン変異株は、2020年にはすでにプエルトリコで流行しており、オミクロン株BA1とBA2の間の組換え株である分離株が存在したこと。
また、オミクロン変異関連株（BA.1-0.1株、BA.1.1-0.1株、BA.2-0.1株）のうち、変異部位のひとつに武漢型変異を持つ株が樹立された。
オミクロン変異関連分離株を樹立した後、同義変異を持つものもあった（図2および補足図2 同義その他）。
Sタンパク質の非同義変異による復帰アミノ酸変異を持つウイルスは、人工的に合成された後、自然環境でさらに同義変異を獲得したと考えるのが妥当である。
人為的に合成された非同義変異のみを持つ変異体が世界的に広まっていると仮定すると、自然環境下で、以前に同義変異を持たない非同義変異を持つ変異体が同義変異を獲得する仕組みが説明できる。
SARS-CoV-2の現在の流行状況を考えると、これらのウイルスが自然に発生したとは考えにくい。SARS-CoV-2分離株の形成を説明する上で、ここに示したように、SARS-CoV-2分離株はこれまでの生物学では説明できない全く新しいメカニズムで形成されている。
一つの考え方として、これらのウイルスが人工的に作られたという仮説は、新しい突然変異獲得メカニズムを提案するよりも合理的である。
しかし、現在のSARS-CoV-2の流行を考えると、自然に発生したとは考えにくいこれらの変異体を人為的に作り出す理由があるのだろうか？
ウイルスエンベロープ上のウイルスタンパク質（エンベロープタンパク質、HAタンパク質、スパイクタンパク質など）の単一（あるいは複数）のアミノ酸の変異によって、多くのウイルスの病原性、宿主特異性、細胞向性、免疫原性が変化することが知られている。
2009年に大流行したA（H1N1）インフルエンザウイルスのHAタンパク質における1アミノ酸の置換は、その複製と病原性を変化させた(23)。
チクングニアウイルスでは、E2糖タンパク質の1アミノ酸の変化が標的細胞結合のためのグリコサミノグリカン利用に影響を与え(24)、E1糖タンパク質の1アミノ酸の変化が蚊媒介蚊の特異性と流行性に影響を与える(25)。MERS-CoVやSARS-CoV-1のような過去のコロナウイルスでは、点変異が中和抗体に対する耐性を与えることが証明されている(26-28)。
仮にSARS-CoV-2オミクロン変異体とその1アミノ酸復帰変異体が人為的かつ系統的に作製されたとしよう。その場合、他の変異体（アルファからデルタ）も人為的に作られたウイルスではないかと疑うべきである。
実際、特に初期の変異体に見られるさまざまな変異の多くが、実際にウイルス感染の増加と関連しているという知見が今日まで得られていないことから(29)、各変異体は、感染性と病原性の原因となるSタンパク質のアミノ酸を同定するために人工的に合成されたという仮説が支持される。
リバースジェネティクス実験はウイルス研究にとって不可欠なものであり、人工的に合成されたウイルスが意図的に世界中にばらまかれたと考えるのはウイルス研究にとって不都合である。
しかし、リバースジェネティクスがウイルス研究で一般的になった今、人工合成ウイルスの可能性を排除せずにSARS-CoV-2の変異過程を論じることは科学的ではないと考える。
最後に、人工的に合成されたウイルスが拡散した可能性はあるが、リバースジェネティクス技術はウイルス学に多大な進歩をもたらしたので、我々はリバースジェネティクス技術を批判しているわけではないことを付け加えておきたい。
また、われわれの分析は限られた数のウイルス配列データベースを用いており、配列決定の技術的な問題や何らかの悪意によって信頼性の低いデータが登録された可能性も否定できない。
また、これらのウイルスが悪意に基づいて人為的に合成され、配布されたものであると結論づけるものではない。
本論文の目的は、SARS-CoV-2が従来のコロナウイルスの変異メカニズムでは考えられないような変異を起こしたことを指摘することであり、SARS-CoV-2の変異体の形成については、人為的な理論の可能性も含めて真剣に議論してほしいということである。
それにもかかわらず、今回我々が示した解析では、オミクロン変異体はこれまでの生物学では説明できない全く新しいメカニズムで形成されていることが結論づけられた。SARS-CoV-2の突然変異がどのようにして起こったかは、SARS-CoV-2パンデミックの再考を促すものである。
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Vir(50)
鳥インフルエンザ人間感染死亡率50%
2024-05-21
https://ameblo.jp/minaseyori/entry-12852938658.html
Vir(48)
WHOが世界に君臨するパンデミック条約とは
2023-11-02
https://ameblo.jp/minaseyori/entry-12826978024.html
各国にとっては憲法上の問題が発生し、議会で承認を得る必要性が明記されている。
つまり、予定では、WHOが2024年5月の採択でパンデミックに関し、国家を超える指揮権を発揮できるということだ。
ウイルス(33)
コロナ:世界を騙すパンデミック
2020-07-18
https://ameblo.jp/minaseyori/entry-12611813761.html
エボラ(2)
殺人エボラやコロナはWHO主導
2020-06-18
https://ameblo.jp/minaseyori/entry-12605138108.html
ウイルス（８）
大量殺人主犯『WHOと国連』を提訴
2020-02-04
https://ameblo.jp/minaseyori/entry-12572611500.html
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