日本における漁業では、主に刺網漁や巻網漁によって漁獲される。1890年（明治23年）頃から1917年（大正6年）頃までの漁場は富山県沿岸から秋田県沿岸であった。年々漁場が北上し、1920年（大正9年）頃には青森県沖から北海道まで北上した。1923年（大正12年）には青森県沖の漁場も不漁となり、本州日本海側の漁は消滅した。
1910年（明治43年）以降急激に漁獲量が増えた北海道沿岸（小樽～留萌・稚内）の漁は明治末期から大正期の最盛期には春先の産卵期に回遊する北海道・サハリン系を主対象として100万トン近くの漁獲高があり、北海道ではニシン漁で財を成した網元による「鰊御殿」が建ち並ぶほど。
1953年（昭和28年）から減少が始まり、1955年（昭和30年）には5万トンにまで激減し、衰退した。その後食用ニシンはアイスランドやノルウェーからの輸入が主となり、それにカナダ、アメリカが加わり、品質評価が高かったアイスランド産は、1990年代以降に同じく品質の高いロシア産に取って代わられた。
