タイセイヨウニシンが外洋水に近い比較的塩分濃度が高く水温の高い水深10〜200mの砂地、石、岩に産卵するのに対し、太平洋に分布する個体群は、タイセイヨウニシンと比較すると低塩分で低水温域の潮間帯に分布する水性植物(アマモやコンブなどの海藻類)に産卵を行う。産卵期は春のみで水深 1m 以下の浅い海で行われる。メスは沈性で粘着性のある直径 1mm程度の卵を海藻に産み付け、オスが放精して受精させる。この際に精子によって海水が白濁する群来（くき）と呼ばれる現象が起こる。なお、海域で産卵する個体群と汽水湖沼内で産卵を行う個体群が存在する。
寿命については十分な調査が行われていないため不明だが、ノルウェー産 20年、石狩ニシン 5-6年、宮古湾 9年、万石浦（宮城県） 6年等の報告があるが、日本近海の個体群の推定寿命を過小評価している可能性が指摘されている。
地域群と広域群では成熟に至るまでの年数が異なる。石狩湾系は、石狩湾を中心とした沿岸で生まれ、湾内を回遊し成長する。成長が早く、2歳で成熟し産卵する。
北海道・サハリン系：産卵は北海道西岸で春に孵化した仔魚は、オホーツク海から千島列島を経て金華山沖まで南下、三陸沿岸、北海道太平洋沿岸を回遊し、3年で成熟し千島列島からオホーツク海を経て北海道西岸に戻り産卵する。
本州系：岩手県宮古湾などを産卵場として夏期に噴火湾に回遊する群。宮古湾には地域個体群は存在しなかったが、1984年に開始された万石浦からの移植放流種苗が起源となっている。