一般市民の定住者はなく、飛行場施設を管理する海上自衛隊硫黄島航空基地隊の南鳥島航空派遣隊や気象庁（南鳥島気象観測所）、関東地方整備局（南鳥島港湾保全管理所）の職員が交代で常駐する。往来・補給のために1,380 mの滑走路があり、島の一辺は滑走路だけである。船の波止場もあるが、浅いサンゴ礁に阻まれて大型船は接岸できないため、大型船は沖合いに停泊し、そこから船積みの小型ボートで島にやってくる。
かつては、アメリカ沿岸警備隊が電波航法施設ロランC局を運用していた。1993年に海上保安庁千葉ロランセンターが業務を引き継ぎ、213 mのアンテナから1.8 MWの送信出力でロランパルスを発信していたが、ロランパルスを使用する船舶が減少したため2009年5月に廃止が決定。同年12月1日午前をもって廃止された。
島に駐在する職員のため、航空自衛隊のC-130H輸送機が月に一度、海上自衛隊のYS-11が週に一度、食料の補給や荷物の逓送のために飛来する。また、不定期で海上自衛隊のUS-1、US-2飛行艇や航空自衛隊のC-1輸送機が利用されることもある。物資等の輸送だけではなく、交代の職員もこれらの飛行機を利用する。硫黄島と共に日本郵便株式会社より「交通困難地」の指定を受けており、南鳥島の住所を記載しても郵便は届かない。
所要時間はC-130輸送機が厚木基地からの直行で約4時間、YS-11が厚木基地から硫黄島を経由して約7時間。絶海の孤島で周囲に緊急着陸が可能な飛行場が存在しないために、何らかの理由で着陸ができないと帰路に燃料不足の懸念がある。よって、確実に着陸可能である状況でしか飛んでこない。第二次世界大戦の際に戦闘を想定して島を要塞化していた（実際にはアメリカ軍による上陸・戦闘は起きなかった）ため、今もなおその時代の戦車や大砲の残骸などが残っている。
作家の池澤夏樹がどうしても南鳥島に行きたいということで、補給船に乗って1日だけ上陸したことがある。この時の状況は、彼の著作「南鳥島特別航路」に書かれている。