コイバ島は1992年に国立公園になった。監獄島として機能していたために開発からは取り残されたが、2004年の監獄閉鎖後は、かえって理想的な自然保護区となった。コイバ島は、中央アメリカでは数少ない、コンゴウインコの野生種の大群が見られる場所である。島の75%は森林で、そこには原始林も多く含まれている。この島には、ここでしか見られない稀少な植物種も生育しており、パナマ本土では森林破壊や過剰伐採で姿を消してしまった3種の植物も残っている。
コイバ島周辺の海域は南北アメリカ州の太平洋沿岸で最大級のサンゴ礁に囲まれており、多くの海洋生物を育んでいる。チリキ湾を流れる海流は、独特の海中環境を生み出していて、その暖流はサンゴ礁と太平洋の熱帯性の海洋生物を育んでいる。熱帯性の海洋生物は、通常のアメリカ大陸太平洋岸では予期しないものである。暖流に乗って、ザトウクジラ、サメ、ジンベイザメ、シャチ等の比較的大型の魚類や哺乳類もやってくる。コイバ島周辺の海洋環境は、ココス海嶺でココ島（コスタリカ）やガラパゴス諸島周辺の海洋環境とも繋がっている。
2005年6月にはユネスコの世界遺産リストに登録された。登録総面積は430,825 haである。内訳はコイバ国立公園 270,125 ha（うち海域 216,500 ha）、海洋保護特別地域 160,700 ha である。
公園内のブラックストライプセイラマ