
藤子・F・不二雄の妻・藤本正子、株式会社藤子・F・不二雄プロ(以下、藤子プロ)、川崎市の三者で協議し、1961年(昭和36年)から藤子・F・不二雄が死去する1996年(平成8年)までの35年にわたって暮らした川崎市内に博物館の設置を決定した。元は藤本正子から川崎市へ、『ドラえもん』をはじめとする漫画原画約5万点を広く市民へ展示公開したいとの申し入れがあり、川崎市と藤子プロが中心となり検討を開始したのがきっかけである。人物博物館の多くがその人物の故郷に建てられる中で、故郷ではなく晩年を過ごした土地に建てられたという、珍しい例である(藤子・F・不二雄は富山県高岡市の生まれ育ち)。
川崎市多摩区の生田緑地に掛かる小田急電鉄所有の約2.9km²の土地のうち約5.5haを川崎市役所が賃借し、藤子プロ側の負担によりその土地にミュージアムの建物の建設を行い、竣工後に建物を川崎市へ寄贈した。
入館チケットは現地での当日販売はしていない。事前に日本全国のローソンに設置されているLoppi(ローソンチケット扱い)で入場日時指定のうえ申込、レジにて購入するか、ローソンチケットでの電話予約購入、ローソンチケットサイトでの予約購入のいずれかが必要。来場日の2か月前に属する月の30日から発売している。入場当日に入場枠に空きが有る場合もLoppiで購入すれば入場することができる。
また、所在地である川崎市においてローソン販売分とは別に予約枠を設けて販売する「市民枠優先販売」制度があり、市内のJTB首都圏の6店舗および同社の総合提携店2店舗にて市内居住を確認できる書類を提示することで購入することも可能。こちらは来場日の2 - 3か月前に属する月の21日から発売開始となる。
大人・大学生1,000円入館指定時間は1日4回(10:00 12:00 14:00 16:00)で設けられているが、各回入れ替え制ではないので、入館後は閉館まで滞在が可能である。入館締め切り時刻は入館指定時間の30分後となっている。
高校・中学生700円
子ども(4歳以上)500円
3歳以下・障害者および介護者1名は無料。窓口で、事前にLoppiで申込・レジ発券した無料入館チケットと障害者手帳を呈示する必要がある。