
富山県高岡市定塚町出身。富山県立高岡工芸高等学校電気科卒。血液型O型。安孫子素雄(藤子不二雄Ⓐ)と共に藤子不二雄としてコンビを組み、作品を発表した。代表作は『ドラえもん』、『パーマン』、『キテレツ大百科』、『エスパー魔美』、『21エモン』など。
1951年(昭和26年)、安孫子と共に『毎日小学生新聞』に投稿した「天使の玉ちゃん」が採用され、共に17歳にして漫画家デビューを果たした。一時製菓会社に勤めるも、作業中の不意の事故によりすぐ退社して自宅で漫画の執筆に専念することになる。その2年後、新聞社で働いていた安孫子を無理やり誘って上京し、「藤子不二雄」の合作ペンネームでプロ漫画家としての活動を始める。2人は博学博識で、そこから生まれるユニークかつユーモア溢れるアイディアは数知れず、低年齢の子供向け作品を中心として、『オバケのQ太郎』、『パーマン』、『ドラえもん』など国民的大ヒット作をいくつも生み出した。
1988年(昭和63年)にコンビを解消し、藤本は藤子不二雄Ⓕとして活動を始めたが、約1年後、トキワ荘の仲間だった石ノ森章太郎の助言によって藤子・F・不二雄に改名した。後年になるに従って大人向けのダークな作風が強くなっていった安孫子とやや違って、藤本は時おり大人向きの作品を手がけながらも『ドラえもん』を中心とした子供向け作品をメインに漫画の執筆を続けた。子供向け作品を手がけるその手腕のあざやかさは、「子供たちの夢と願望を心にくいばかりに視覚化する」と評されるように極めて高い評価を得ており、没後も子供漫画の名手としてのその名声は揺らいでいない。