単結晶と多結晶の最も大きな違いは、変換効率（発電効率）と単位面積あたりの出力です。単結晶は変換効率が20％前後と高く、同じ面積でも多結晶（15％前後）より多くの発電量を得られます。省スペースで高出力を求めたい場合は単結晶、広大な面積でコストを抑えたい場合は多結晶が適しています。
それぞれの主な出力と特徴の違いは以下の通りです：
- 単結晶シリコン
- 変換効率： 約20%
- 特徴： 規則正しいシリコンの結晶でできておりロスが少ない。高温環境下でも性能が落ちにくく、限られた屋根のスペースでも高い出力を確保しやすいのが強みです。ただし、製造コストが高価になります。
- 多結晶シリコン
- 変換効率： 約15%
- 特徴： 複数のシリコンの結晶を組み合わせて作られており、単結晶に比べると変換効率は下がります。その分、製造コストが安いため初期費用を抑えやすく、広い土地に大規模なパネルを並べる産業用などでよく使われます。