憶測もかなり混じりますが。
はるかの乗客は線路に降ろし、摂津富田まで歩くことになったようです。
茨木駅の略図。本線は貨物、特急、新快速が通る線路。※快速、普通が通る緩行線は省略。
東海道本線下り線は、図で行くと、本線の左側に副本線というか待避線があります。（Ａ図）
前日のトラブル、6/12未明にもトラブルがあり、吹田の貨物ヤードは停滞している貨物列車で一杯だったようです。
そこへ当該貨物列車がやってきて、吹田には入れないのでどこかに退避させないといけない、ということで茨木駅の副本線へ退避させたわけです。
しかし副本線の有効長が短く、当該貨物列車が収まりきりませんでした。
ただ、Ｂ図のように完全に干渉するようなはみ出かたではなく、Ｃ図のように一見は収まっているようには見えるけど、という状況だったようです。
①と②は信号と考えてください。
当該貨物列車を進行させるには①の信号を青にしないといけませんが、
①を青にするには、②より下方の本線に ”列車がいない” 状況でないと青にできませんが、Ｃ図の通りはみ出てしまっている以上、
システム的には②より下方に "列車がいる状態" となっており、システム（指令）からでは、①の信号を青にすることは不可能だと思われます。
そうなると、①の箇所のポイントは手動で切り替えて、手旗信号での出発 でしか対応できないのではないかと思います。