答えに困る質問ですが・・・
あくまでも私見です
よっぽどのことがないと神様がいらっしゃらない神社は無いと思います。
神社はご神威が宿る場所やその場所を遥拝(離れた場所から拝礼)する所として、またはご神威を恐れ鎮まって頂くために、祭祀を行う建物として建立されています。
当社は霊岩・甑岩を拝して建立されていますので、分類するとこの類に入ります。大神神社や当社のようにご神体が鎮座するような場所です。ただこの中にはすぐ後ろにご神体があったり、里宮のようにその場所を拝むために里、人が住む近くに建っている場合もあります。
神様がお鎮まり頂くために相応しい場所としてや、鬼門や関所、川の合流する場所や人の流れが交差する場所(交差点のような人が集まってお祭りがしやすい場所)などの守り神として鎮座する神社もあります。
もしくは、その土地の方々が地域の農業・産業などの繁栄を願い、ご神徳を頂戴するために神様を勧請(招き祀る)して場合もあります。
その他にも形態は様々ありますが、つまり神様をお祀りするために、その祭祀場所として神社は建立されていますので、神様はいらっしゃるでしょうし、また来て頂けると思います。
では、何故居ないと感じるのか？？
神様が参拝された方にはまだ願いを叶える必要がないと思われているのか、信心が足りないのか、お願いするに相応しくない作法・礼儀・態度でお参りできていないのか・・・
また、神様にはご神徳・ご利益というものがあるのはご存知だと思います。つまり失礼な言い方をすると得意分野が各々にあるということです。お医者さんに車の修理を頼んでも直せないですよね
ただ、神様は人とは違って心が広いので、ある程度(といっても人が思う以上)の願いは叶えて頂けるでしょう。また地域の氏神様は、氏子さん・地域住民をお守り頂く神様ですので、それらの願いは叶えて頂けるでしょうし、もしかしたら専門家にお取り次ぎして頂いているのかもしれません。
何らかの理由があるのだと思います。
またお祀りする方が居なくなって、神様は必要がないと思われて去ってしまったということもあるかもしれません。
答えにはなっていませんが、神社に神様がいらっしゃらないのはあまり考えられないことだと思うというのが、私の結論です
居ないと思われた時には、先ず自分に失礼がないのか、礼を尽くすのに足りないところがないのかを自問自答してみること、それでも居ないと感じる時にはまだ自分には必要ない願い、もしくは相性？窓口？が間違っていたと思って、あまり気にしないでいいのではないでしょうかm(_ _)m