ふたつの言い方がありますが、どのように使い分けておられますか？
20年ほど前に社会に出られた一部の方は貴社は話し言葉、御社は書き言葉と習われたそうですが、今の常識は全く逆です。
対面や電話で話すときは「御社」と言いましょう。
「明日、御社にうかがってもよろしいでしょうか？」
「御社の将来性に魅力を感じ・・・」
と言う具合に。
メールや文書にする場合は「貴社」が正解です。
「貴社、益々ご清栄のこととお慶び申し上げます。」
「貴社におかれましては・・・」
と言う具合です。
理由は簡単。
本当は丁寧語である「御」（お・ご）をつけるより「貴」（とうとい）をつける方がより格が高いため常にそうしたいところですが、「きしゃ」と言う言葉には他に多くの意味があります。
例えば
貴社の記者が汽車で帰社した
という文章が成立してしまうほど。
混同を避けるため、話し言葉では「御社」を使うことになりました。
なお、会社以外の組織の場合は言い方が変わります。
病院＝貴院 御院
銀行＝貴行、御行
協会＝貴協会、御協会
学校＝貴校、御校
などとなりますので気をつけましょう。
