自然療法（ナチュロパシー）的に腸のケアをする場合三つのカテゴリーを統合的にケアしてゆきます。
１、腸内細菌のケア
２、腸粘膜のケア
３、腸管免疫のケア
大体の治療の順番は１⇒２⇒３ です
しかしそれぞれは密接に関係しているので統合的にみてゆく必要があります。
どのようにケアしてゆ行くのかというと
まず、どのカテゴリーのケアが必要のか？フィシオエナジェティックで見つけます。
そして
１、環境を整えるためのデトックスをします。
２、そのカテゴリーを障害しているものを見つけ、その障害しているものを取り除きます。
３、取り除いたところに良いものを入れることで「置き換え」をします
４、足りなくなっているものを取り入れられるようにします。
５、健全な状態に修復します。
というように段階的にきっちりと治療します。
さらにその人に必要とされている治療が
骨格や筋肉の調整のような体の構造やバランスの分野なのか？
栄養素や代謝、免疫、臓器の機能、デトックスなどの化学的な分野なのか？
ストレスや感情や信念などのマインドの分野なのか？
経絡や脳機能や受容体などの情報の分野なのか？
をつまびらかにしながら必要なセラピーをしてゆく
腸の治療といってもフィトセラピー的な手法がすべてでは無く
例えば胃酸不足で腸機能がダメージを負っている場合
胃酸を補うサプリメントを飲めば良いというわけでは必ずしも無く
自律神経のバランスを取るために生活習慣を整えたり
ストレスマネジメントが必要だったり
脊椎の調整が必要だったり
感情のコントロールが必要だったり
亜鉛不足や亜鉛不耐性（アレルギー）の解消が必要だったりと
その人のビリーフシステムや自己評価のマネジメントが必要だったり
必要な処置はさまざまです。
それらを明らかにしつつ統合的に立体的にセラピーを組み立ててゆくのがフィシオエナジェティックという代替医療手法のやり方です。
なかなか細密で精密ですね、かといって全体性を失わないホリスティックな手法です。