自分で用意したjsファイルなら保存しなおせば良いだけですが、jsファイル自体が外部サイトにある場合はそうはいきません。そんな時に文字コードを合わせる方法です。
<script type="text/javascript" src="http://hoge.com/test.js" charset="Shift_JIS">このようにscript要素に、charset="文字コード"を追記すればオッケーです。
最近公式のTweetボタンの表示がうまくいかないという事象が起こりましたが、これもcharset="UTF-8"とすれば直りました。
Tweetボタンのように、外部サイトとの連携も深まっているので、この方法は記憶しておきたいです。